04 Thông tư quan trọng của Bộ Tài Chính chính thức có hiệu lực từ 01/07/2026

Người trợ lý Atax chia sẻ đến kế toán, doanh nghiệp và hộ kinh doanh nội dung cần lưu ý về 04 thông tư quan trọng của Bộ Tài chính có hiệu lực từ ngày 01/7/2026. Đây là các văn bản hướng dẫn các luật thuế và nghị định mới, có tác động trực tiếp đến công tác đăng ký thuế, thuế thu nhập cá nhân, hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử, quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro trong quản lý thuế.

Các đơn vị kế toán, bộ phận tài chính, doanh nghiệp và hộ kinh doanh cần chủ động rà soát quy trình nội bộ, hồ sơ thuế, dữ liệu người nộp thuế, hệ thống hóa đơn điện tử và phương thức quản trị rủi ro thuế để bảo đảm tuân thủ khi các quy định mới bắt đầu được áp dụng.

Thông tư 87/2026/TT-BTC: Hướng dẫn Luật Thuế thu nhập cá nhân

Thông tư 87/2026/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế thu nhập cá nhân số 109/2025/QH15 và Nghị định 253/2026/NĐ-CP. Thông tư có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.

Nội dung trọng tâm của Thông tư 87/2026/TT-BTC bao gồm: quy định về thu nhập chịu thuế; các khoản thu nhập được miễn thuế; mức và nguyên tắc giảm trừ gia cảnh; khấu trừ thuế thu nhập cá nhân; quyết toán thuế thu nhập cá nhân; thu nhập từ kinh doanh; thu nhập từ tiền lương, tiền công; các quy định liên quan áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2026.

Đối với kế toán doanh nghiệp, Thông tư 87/2026/TT-BTC là văn bản cần đặc biệt lưu ý vì ảnh hưởng trực tiếp đến việc tính thuế thu nhập cá nhân hằng tháng, khấu trừ thuế tại nguồn, lập chứng từ khấu trừ thuế, tổng hợp thu nhập chịu thuế và thực hiện quyết toán thuế cho người lao động.

Doanh nghiệp cần rà soát lại toàn bộ chính sách tiền lương, phụ cấp, phúc lợi, khoản chi trả cho người lao động, hợp đồng lao động, hợp đồng dịch vụ, khoản chi trả cho cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng dưới thời hạn phải khấu trừ thuế theo quy định. Việc rà soát này nhằm xác định đúng bản chất khoản thu nhập, đúng căn cứ tính thuế và đúng nghĩa vụ khấu trừ, kê khai, quyết toán.

Về hiệu lực thay thế, Thông tư 87/2026/TT-BTC thay thế Thông tư 111/2013/TT-BTC. Đây là thay đổi lớn trong hệ thống văn bản hướng dẫn thuế thu nhập cá nhân, do đó kế toán cần cập nhật kịp thời để tránh áp dụng nhầm quy định cũ trong kỳ tính thuế năm 2026.

04 Thông tư quan trọng của Bộ Tài Chính chính thức có hiệu lực từ 01/07/2026

Thông tư 90/2026/TT-BTC: Hướng dẫn về đăng ký thuế

Thông tư 90/2026/TT-BTC hướng dẫn về đăng ký thuế và có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.

Nội dung chính của Thông tư 90/2026/TT-BTC bao gồm: sử dụng số định danh cá nhân làm mã số thuế; đăng ký thuế điện tử, kết nối với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư; đăng ký thuế đối với hoạt động thương mại điện tử và kinh tế số.

Điểm đáng chú ý là việc sử dụng số định danh cá nhân làm mã số thuế. Quy định này thể hiện xu hướng đồng bộ dữ liệu quản lý thuế với dữ liệu dân cư, giảm trùng lặp thông tin, nâng cao khả năng định danh người nộp thuế và hỗ trợ cơ quan thuế trong quản lý nghĩa vụ thuế của cá nhân.

Đối với doanh nghiệp, bộ phận kế toán cần kiểm tra dữ liệu nhân sự, thông tin người lao động, mã số thuế cá nhân, số định danh cá nhân và các thông tin liên quan để bảo đảm thống nhất khi thực hiện kê khai, khấu trừ và quyết toán thuế thu nhập cá nhân.

Đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, đặc biệt là cá nhân kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số hoặc cung cấp dịch vụ qua môi trường số, việc đăng ký thuế cần được thực hiện đầy đủ, đúng phương thức và đúng thông tin định danh theo quy định mới.

Về hiệu lực thay thế, Thông tư 90/2026/TT-BTC thay thế Thông tư 86/2024/TT-BTC và bãi bỏ Điều 10 Thông tư 40/2025/TT-BTC. Kế toán cần lưu ý nội dung này khi tra cứu căn cứ pháp lý về đăng ký thuế từ ngày 01/7/2026 trở đi.

Thông tư 91/2026/TT-BTC: Hướng dẫn về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử

Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Thông tư có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.

Nội dung chính của Thông tư 91/2026/TT-BTC bao gồm: quy định về lập hóa đơn điện tử; nội dung hóa đơn điện tử; thời điểm lập hóa đơn điện tử; xử lý hóa đơn điện tử có sai sót theo hình thức điều chỉnh, thay thế hoặc hủy; hướng dẫn đăng ký sử dụng chứng từ điện tử; ban hành các mẫu hóa đơn điện tử và chứng từ điện tử mới.

Đây là nhóm quy định có ảnh hưởng trực tiếp đến quy trình bán hàng, cung cấp dịch vụ, ghi nhận doanh thu, kê khai thuế giá trị gia tăng, hạch toán kế toán và lưu trữ chứng từ điện tử tại doanh nghiệp.

Kế toán cần đặc biệt chú ý đến thời điểm lập hóa đơn, vì đây là căn cứ quan trọng để xác định nghĩa vụ kê khai thuế, thời điểm ghi nhận doanh thu theo quy định thuế và kiểm soát rủi ro sai lệch giữa dữ liệu hóa đơn, dữ liệu kế toán và dữ liệu kê khai thuế.

Đối với hóa đơn điện tử có sai sót, doanh nghiệp cần xây dựng quy trình xử lý rõ ràng, xác định trường hợp nào phải lập hóa đơn điều chỉnh, trường hợp nào phải lập hóa đơn thay thế, trường hợp nào được hủy hóa đơn. Việc xử lý sai hình thức có thể dẫn đến rủi ro về kê khai thuế, đối chiếu dữ liệu hóa đơn và giải trình với cơ quan thuế.

Thông tư 91/2026/TT-BTC cũng hướng dẫn đăng ký sử dụng chứng từ điện tử và ban hành các mẫu hóa đơn, chứng từ điện tử mới. Doanh nghiệp cần phối hợp với nhà cung cấp phần mềm hóa đơn điện tử để cập nhật biểu mẫu, dữ liệu, quy trình phát hành và lưu trữ chứng từ theo quy định mới.

Về hiệu lực thay thế, Thông tư 91/2026/TT-BTC thay thế Thông tư 32/2025/TT-BTC. Từ ngày 01/7/2026, kế toán cần sử dụng căn cứ pháp lý mới khi xử lý các nghiệp vụ liên quan đến hóa đơn điện tử và chứng từ điện tử.

Thông tư 94/2026/TT-BTC: Hướng dẫn về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro trong quản lý thuế

Thông tư 94/2026/TT-BTC hướng dẫn về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Thông tư có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.

Nội dung chính của Thông tư 94/2026/TT-BTC bao gồm: quy định nguyên tắc, tiêu chí đánh giá mức độ tuân thủ của người nộp thuế; phân loại, xác định mức độ rủi ro của người nộp thuế; áp dụng quản lý rủi ro trong đăng ký thuế, khai thuế, hoàn thuế, nợ thuế, hóa đơn, kiểm tra thuế và thanh tra thuế; sử dụng kết quả phân tích rủi ro để lựa chọn biện pháp quản lý thuế phù hợp.

Thông tư này thể hiện định hướng quản lý thuế dựa trên dữ liệu, phân tích rủi ro và mức độ tuân thủ của người nộp thuế. Theo đó, doanh nghiệp có lịch sử kê khai đúng hạn, nộp thuế đầy đủ, dữ liệu hóa đơn minh bạch, ít sai sót và giải trình hợp lý sẽ có cơ sở để được đánh giá mức độ tuân thủ tốt hơn.

Ngược lại, các doanh nghiệp thường xuyên kê khai bổ sung, chậm nộp hồ sơ thuế, phát sinh nợ thuế, có giao dịch hóa đơn bất thường, có biến động doanh thu hoặc chi phí không phù hợp với ngành nghề, quy mô hoạt động có thể bị đưa vào nhóm rủi ro cao hơn để áp dụng biện pháp quản lý thuế phù hợp.

Đối với kế toán, yêu cầu đặt ra không chỉ là kê khai đúng và nộp đúng hạn, mà còn cần quản trị dữ liệu kế toán, dữ liệu hóa đơn, dữ liệu thuế một cách nhất quán. Hồ sơ kế toán phải bảo đảm khả năng giải trình, đối chiếu và chứng minh tính hợp pháp, hợp lý, hợp lệ của từng nghiệp vụ kinh tế phát sinh.

Về hiệu lực thay thế, Thông tư 94/2026/TT-BTC thay thế Thông tư 31/2021/TT-BTC. Doanh nghiệp cần cập nhật phương pháp tiếp cận mới về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro thuế từ ngày 01/7/2026.

Những điểm đáng chú ý khi 04 thông tư có hiệu lực

Thứ nhất, hệ thống pháp lý được đồng bộ. 04 thông tư nêu trên hướng dẫn các luật thuế và nghị định mới, bao gồm Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Luật Thuế thu nhập cá nhân số 109/2025/QH15 và các Nghị định 252/2026/NĐ-CP, 253/2026/NĐ-CP, 254/2026/NĐ-CP.

Thứ hai, công tác quản lý thuế tiếp tục đẩy mạnh số hóa. Các thủ tục đăng ký thuế điện tử, hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử và quản lý thuế dựa trên dữ liệu sẽ được tăng cường. Điều này yêu cầu doanh nghiệp phải chuẩn hóa dữ liệu ngay từ khâu phát sinh nghiệp vụ.

Thứ ba, quản lý thuế theo rủi ro trở thành trọng tâm. Cơ quan thuế sẽ áp dụng phân tích rủi ro để đánh giá mức độ tuân thủ và lựa chọn biện pháp quản lý phù hợp với từng nhóm người nộp thuế. Vì vậy, doanh nghiệp cần xây dựng hồ sơ kế toán, thuế đầy đủ, minh bạch và có khả năng giải trình tốt.

Thứ tư, thương mại điện tử và kinh tế số được chú trọng. Nhiều quy định mới liên quan đến đăng ký thuế, hóa đơn, chứng từ đối với hoạt động thương mại điện tử và hoạt động kinh tế số sẽ tác động đến doanh nghiệp, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh trên nền tảng số.

Thứ năm, nhiều quy định, đặc biệt là quy định về thuế thu nhập cá nhân, được áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2026. Do đó, kế toán cần chủ động cập nhật từ đầu kỳ, tránh để đến thời điểm quyết toán mới điều chỉnh, vì có thể phát sinh sai sót trong khấu trừ, kê khai và ghi nhận nghĩa vụ thuế.

Khuyến nghị của Người trợ lý Atax dành cho kế toán và doanh nghiệp

Một là, cập nhật danh mục văn bản pháp luật áp dụng từ ngày 01/7/2026, trong đó cần phân loại rõ văn bản về thuế thu nhập cá nhân, đăng ký thuế, hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử, quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro thuế.

Hai là, rà soát quy trình tính, khấu trừ và quyết toán thuế thu nhập cá nhân. Doanh nghiệp cần kiểm tra lại dữ liệu tiền lương, phụ cấp, phúc lợi, giảm trừ gia cảnh, mã số thuế cá nhân, số định danh cá nhân và hồ sơ ủy quyền quyết toán thuế của người lao động.

Ba là, chuẩn hóa dữ liệu đăng ký thuế. Kế toán cần đối chiếu thông tin người lao động, người đại diện pháp luật, chủ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và các thông tin định danh để hạn chế sai lệch khi kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.

Bốn là, kiểm tra hệ thống hóa đơn điện tử và chứng từ điện tử. Doanh nghiệp cần làm việc với nhà cung cấp phần mềm để bảo đảm cập nhật mẫu biểu, chức năng lập hóa đơn, điều chỉnh, thay thế, hủy hóa đơn và lưu trữ chứng từ điện tử theo quy định mới.

Năm là, thiết lập quy trình kiểm soát rủi ro thuế nội bộ. Doanh nghiệp nên định kỳ kiểm tra tình trạng kê khai thuế, nộp thuế, nợ thuế, hóa đơn đầu vào, hóa đơn đầu ra, biến động doanh thu, chi phí và các giao dịch có dấu hiệu bất thường.

Sáu là, lưu trữ hồ sơ kế toán, thuế đầy đủ và khoa học. Mỗi khoản doanh thu, chi phí, khấu trừ thuế, hoàn thuế hoặc điều chỉnh hóa đơn cần có chứng từ, hợp đồng, biên bản, thanh toán và tài liệu giải trình phù hợp để phục vụ kiểm tra, thanh tra khi cần thiết.

Kết luận:

Từ ngày 01/7/2026, 04 thông tư quan trọng của Bộ Tài chính gồm Thông tư 87/2026/TT-BTC, Thông tư 90/2026/TT-BTC, Thông tư 91/2026/TT-BTC và Thông tư 94/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực. Các văn bản này tạo ra thay đổi đáng kể trong công tác thuế thu nhập cá nhân, đăng ký thuế, hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử và quản lý rủi ro thuế. Kế toán, doanh nghiệp và hộ kinh doanh cần chủ động cập nhật, rà soát quy trình và chuẩn hóa dữ liệu để bảo đảm tuân thủ đúng quy định pháp luật.

Bài viết liên quan Từ 01/7/2026 có 04 Nghị định quan trọng về Thuế chính thức có hiệu lực