Hướng dẫn chi tiết đăng ký Thuế khi tổ chức lại Doanh nghiệp theo Thông tư 90/2026/TT-BTC

Kính chào Quý doanh nghiệp và bạn đọc của Đại lý thuế Người trợ lý Atax. Việc tổ chức lại doanh nghiệp là một quá trình pháp lý phức tạp, ảnh hưởng trực tiếp đến mã số thuế, nghĩa vụ quyết toán và tính liên tục trong hoạt động sản xuất kinh doanh. Nhằm giúp quý khách hàng thực hiện các thủ tục hành chính một cách chính xác và tuân thủ tuyệt đối quy định pháp luật, Atax xin tổng hợp hướng dẫn chi tiết về quy trình đăng ký thuế khi tổ chức lại doanh nghiệp và chuyển đổi mô hình hoạt động theo quy định tại Thông tư 90/2026/TT-BTC (có hiệu lực từ ngày 01/07/2026).

Đăng ký thuế trong trường hợp tổ chức lại tổ chức (Theo Điều 19 Thông tư 90/2026/TT-BTC)

1. Trường hợp chia tổ chức:

• Đối với tổ chức bị chia: Phải thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo trình tự tại Điều 13, 14 và 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC.

• Đối với các tổ chức mới được chia: Tiến hành thủ tục đăng ký thuế lần đầu với cơ quan thuế theo điểm a khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC để được cấp mã số thuế mới.

2. Trường hợp tách tổ chức:

• Đối với tổ chức bị tách: Nếu phát sinh thay đổi thông tin đăng ký thuế, phải nộp hồ sơ điều chỉnh thông tin trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận giấy phép hoạt động hoặc quyết định thành lập mới. Hồ sơ bao gồm: Tờ khai điều chỉnh mẫu số 08-MST, bản sao quyết định tách và bản sao giấy phép thành lập. Đơn vị bị tách vẫn tiếp tục sử dụng mã số thuế đã cấp trước đây.

• Đối với tổ chức được tách: Thực hiện thủ tục đăng ký thuế mới theo quy định để được cấp mã số thuế riêng biệt.

3. Trường hợp sáp nhập tổ chức:

• Đối với tổ chức nhận sáp nhập: Được giữ nguyên mã số thuế. Trong trường hợp sáp nhập có phát sinh thay đổi thông tin đăng ký thuế, phải làm thủ tục thông báo thay đổi trong thời hạn 10 ngày làm việc. Hồ sơ gồm Tờ khai mẫu 08-MST, bản sao hợp đồng sáp nhập và bản sao giấy phép thành lập/hoạt động mới.

• Đối với tổ chức bị sáp nhập: Phải thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

4. Trường hợp hợp nhất tổ chức:

• Các tổ chức bị hợp nhất: Tiến hành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo đúng quy định tại Điều 13, 14 và 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC.

• Tổ chức sau hợp nhất: Thực hiện đăng ký thuế mới với cơ quan thuế để được cấp mã số thuế mới cho pháp nhân mới thành lập.

5. Trường hợp chuyển đổi loại hình tổ chức:

• Mã số thuế của tổ chức sau khi chuyển đổi loại hình được giữ nguyên.

• Tổ chức phải nộp hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế (mẫu 08-MST, bản sao quyết định chuyển đổi và giấy phép hoạt động mới) trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày được cấp giấy phép mới.

Lưu ý: Đối với trường hợp chuyển đổi giữa các loại hình doanh nghiệp theo Luật Doanh nghiệp 2020 hoặc chuyển đổi từ tổ hợp tác thành hợp tác xã theo Luật Hợp tác xã 2023, hệ thống của cơ quan thuế sẽ tự động cập nhật thông tin thay đổi khi nhận được dữ liệu từ cơ quan đăng ký kinh doanh truyền sang.

Đăng ký thuế trong trường hợp chuyển đổi mô hình hoạt động (Theo Điều 20 Thông tư 90/2026/TT-BTC)

Chuyển đơn vị phụ thuộc thành đơn vị độc lập hoặc ngược lại:

Đơn vị trước khi chuyển đổi phải làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Đơn vị sau chuyển đổi tiến hành nộp hồ sơ đăng ký thuế mới để được cấp mã số thuế phù hợp với mô hình hoạt động mới.

Chuyển đơn vị độc lập thành đơn vị phụ thuộc của một đơn vị chủ quản khác:

Đơn vị độc lập ban đầu thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế cũ. Đơn vị phụ thuộc mới thực hiện đăng ký thuế để được cấp mã số thuế 13 chữ số theo mã số thuế của đơn vị chủ quản mới. Đơn vị chủ quản mới có trách nhiệm kê khai bổ sung thông tin đơn vị phụ thuộc vào bảng kê mẫu số BK02-ĐKT khi làm thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế.

Chuyển đơn vị phụ thuộc của đơn vị chủ quản này sang đơn vị chủ quản khác:

Đơn vị phụ thuộc cũ chấm dứt hiệu lực mã số thuế cũ. Đơn vị phụ thuộc mới thực hiện đăng ký thuế dưới mã của đơn vị chủ quản mới, đồng thời đơn vị chủ quản mới tiến hành cập nhật bảng kê mẫu số BK02-ĐKT.

Quy định về công khai thông tin đăng ký thuế (Theo Điều 33 Thông tư 90/2026/TT-BTC)

Người nộp thuế và các tổ chức, cá nhân liên quan được quyền tra cứu thông tin mã số thuế, tên người nộp thuế, địa chỉ trụ sở, trạng thái mã số thuế và tên cơ quan thuế quản lý trực tiếp trên Hệ thống thông tin quản lý thuế.

Đồng thời, cơ quan thuế sẽ thực hiện công khai thông tin đối với các trường hợp người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế (trạng thái 03), không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (trạng thái 06), hoặc tạm ngừng hoạt động kinh doanh (trạng thái 05). Khi hoàn thành thủ tục chấm dứt hoặc khôi phục mã số thuế, hệ thống sẽ tự động cập nhật tình trạng mới nhất.

Các nguyên tắc quản lý thuế cốt lõi (Theo Điều 6 Luật Quản lý thuế 2025)

Quý doanh nghiệp cần lưu ý các nguyên tắc quản lý thuế hiện hành bao gồm: Đảm bảo tính công khai, minh bạch, bình đẳng, lấy người nộp thuế làm trung tâm phục vụ. Người nộp thuế tự thực hiện nghĩa vụ tự xác định, tự kê khai và tự nộp thuế.

Đặc biệt, cơ quan thuế áp dụng các nguyên tắc quản lý hiện đại: Nguyên tắc bản chất hoạt động, giao dịch quyết định nghĩa vụ thuế (bản chất quan trọng hơn hình thức). Nguyên tắc giao dịch độc lập. Quản lý rủi ro và quản lý tuân thủ của người nộp thuế.

Với tư cách là một Đại lý thuế chuyên nghiệp, Người trợ lý Atax luôn đồng hành sát sao cùng doanh nghiệp trong mọi tiến trình chuyển đổi và tổ chức lại bộ máy hoạt động. Chúng tôi cung cấp dịch vụ tư vấn toàn diện, thực hiện các thủ tục đăng ký thuế, chuyển đổi mã số thuế đúng quy định và tối ưu hóa lợi ích hợp pháp cho doanh nghiệp. Quý khách hàng có nhu cầu hỗ trợ xin vui lòng liên hệ với Atax để nhận được sự trợ giúp chuyên nghiệp nhất.

Liên hệ trực tiếp cho ATAX qua fanpage ĐẠI LÝ THUẾ NGƯỜI TRỢ LÝ hoặc liên hệ trực tiếp Hotline: 0988 168 368 để được tư vấn HOÀN TOÀN MIỄN PHÍ.

Nguyên tắc khấu trừ 10% Thuế thu nhập cá nhân (TNCN) áp dụng từ 01/07/2026 khi chấm dứt hợp đồng lao động