Nguyên Tắc Áp Dụng Ưu Đãi Thuế Thu Nhập Doanh Nghiệp Mới Nhất

Khi bắt đầu một dự án đầu tư mới hoặc mở rộng hoạt động kinh doanh, việc tối ưu hóa chi phí thuế thông qua các chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp luôn là bài toán chiến lược hàng đầu của các nhà đầu tư. Để giúp doanh nghiệp chủ động xây dựng phương án tài chính hiệu quả và đảm bảo tính tuân thủ tuyệt đối trong quá trình hoạt động, Đại lý thuế Atax xin chia sẻ hệ thống nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế theo các quy định pháp lý mới nhất hiện nay.

1. Các nguyên tắc chung khi áp dụng ưu đãi thuế TNDN

Căn cứ theo Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, để áp dụng chính xác các chính sách ưu đãi, doanh nghiệp cần nắm rõ các nguyên tắc nền tảng sau:

Điều kiện tiên quyết về chế độ kế toán

Atax lưu ý rằng, ưu đãi thuế TNDN chỉ được áp dụng đối với các doanh nghiệp thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ hợp pháp và thực hiện nộp thuế theo phương pháp kê khai. Mọi sai phạm nghiêm trọng trong việc thiết lập sổ sách kế toán đều có thể dẫn đến việc bị tước bỏ quyền hưởng ưu đãi.

Xác định dự án đầu tư mới thực tế

Ưu đãi theo diện dự án đầu tư mới không áp dụng đối với các trường hợp hình thành từ quá trình tái cấu trúc doanh nghiệp như sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp hoặc chuyển đổi chủ sở hữu.
Dự án đầu tư mới phải được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư. Đối với các dự án không thuộc diện cấp phép, điều kiện ưu đãi sẽ được căn cứ dựa trên Báo cáo thực hiện dự án đầu tư gửi cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền.

Nguyên tắc hạch toán độc lập

Doanh nghiệp có nghĩa vụ phải hạch toán riêng khoản thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thể hạch toán riêng biệt, phần thu nhập ưu đãi sẽ được xác định phân bổ theo công thức quy định:

Thu nhập ưu đãi = Tổng thu nhập tính thuế x (Doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động ưu đãi / Tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp trong kỳ)

Lựa chọn phương án ưu đãi tối ưu và nhất quán

Trong trường hợp một khoản thu nhập đáp ứng đồng thời nhiều điều kiện ưu đãi thuế khác nhau, doanh nghiệp được quyền chủ động lựa chọn phương án ưu đãi có lợi nhất cho mình. Tuy nhiên, Atax xin lưu ý rằng thời gian ưu đãi đã hưởng trước đó phải được khấu trừ khi chuyển đổi và doanh nghiệp phải áp dụng nhất quán phương án đã chọn trong suốt thời gian còn lại.

Địa bàn và ngành nghề được hưởng ưu đãi

• Đối với hoạt động sản xuất: Thu nhập từ sản phẩm sản xuất tại địa bàn ưu đãi vẫn được hưởng ưu đãi thuế TNDN ngay cả khi sản phẩm đó được tiêu thụ ngoài địa bàn ưu đãi.
• Đối với hoạt động dịch vụ, thương mại: Ưu đãi chỉ áp dụng đối với phần thu nhập phát sinh thực tế tại địa bàn ưu đãi thuế.
• Doanh nghiệp công nghệ cao: Chỉ áp dụng ưu đãi đối với các khoản thu nhập trực tiếp từ hoạt động công nghệ cao, nghiên cứu và phát triển (R&D).
• Lĩnh vực nông nghiệp: Thu nhập ưu đãi bao gồm cả phần thu nhập phát sinh từ thanh lý sản phẩm nông, lâm, ngư nghiệp, bán phế liệu phế phẩm liên quan trực tiếp trong quá trình sản xuất.

Nguyên tắc duy trì điều kiện ưu đãi

Doanh nghiệp phải liên tục đáp ứng các tiêu chí ưu đãi trong suốt thời gian thụ hưởng. Nếu trong một kỳ tính thuế doanh nghiệp không đáp ứng đủ điều kiện, doanh nghiệp sẽ không được hưởng ưu đãi cho năm đó và phải áp dụng mức thuế suất phổ thông 20%. Đối với một số dự án đặc thù, nếu quá thời hạn cam kết mà không đạt điều kiện, doanh nghiệp có thể phải kê khai nộp lại toàn bộ số thuế đã được ưu đãi trước đó (không bị xử phạt khai sai).

2. Các hoạt động không được áp dụng ưu đãi thuế TNDN

Theo Luật Thuế TNDN 2025, Atax tổng hợp các khoản thu nhập của doanh nghiệp bắt buộc phải nộp thuế theo thuế suất phổ thông, không được áp dụng ưu đãi bao gồm:

• Thu nhập phát sinh từ hoạt động chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn; chuyển nhượng bất động sản (ngoại trừ thu nhập từ đầu tư xây dựng nhà ở xã hội theo quy định).
• Thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án, quyền thăm dò và khai thác khoáng sản.
• Thu nhập từ hoạt động sản xuất và kinh doanh ở nước ngoài.
• Thu nhập từ tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu khí và các tài nguyên quý hiếm khác.
• Thu nhập từ hoạt động kinh doanh trò chơi điện tử trên mạng internet.
• Thu nhập từ sản xuất, kinh doanh các mặt hàng, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt (trừ các dự án sản xuất, lắp ráp phương tiện vận tải như ô tô, máy bay, du thuyền và hoạt động lọc hóa dầu).

3. Hướng dẫn thực tế từ Cơ quan thuế qua các Công văn tiêu biểu

Nhằm giúp doanh nghiệp hiểu rõ hơn cách thức áp dụng các nguyên tắc ưu đãi trong thực tế, Atax xin chia sẻ 03 hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng từ Tổng cục Thuế và Cục Thuế địa phương:

Công văn 2191/CT-CS: Áp dụng ưu đãi đối với doanh nghiệp Khoa học và Công nghệ (KHCN)

Hướng dẫn này phân loại rõ phương án xử lý đối với hai nhóm hồ sơ:

• Trường hợp 1: Doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận KHCN theo quy định của Luật KHCN và Đổi mới sáng tạo 2025 sẽ được hưởng thuế suất ưu đãi 10% trong vòng 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo.
• Trường hợp 2: Doanh nghiệp cấp theo Nghị định 13/2019/NĐ-CP chỉ được áp dụng miễn thuế 4 năm và giảm 50% trong 9 năm tiếp theo (không áp dụng thuế suất ưu đãi 10%).

Tình huống thực tế: Một doanh nghiệp được Sở KHCN cấp chứng nhận vào tháng 10/2025 nhưng thủ tục vẫn theo Nghị định 13/2019/NĐ-CP, đồng thời trước đó đã hưởng đủ ưu đãi thuế suất 10% trong 15 năm theo điều kiện khác. Cơ quan thuế hướng dẫn doanh nghiệp không được tiếp tục hưởng ưu đãi theo diện doanh nghiệp KHCN từ kỳ tính thuế 2025 do đã dùng hết thời gian ưu đãi thuế suất trước đó.

Công văn 1983/CT-CS: Xác định thời điểm hưởng ưu đãi cho dự án đầu tư mới

Cục Thuế làm rõ cách tính thời gian miễn, giảm thuế cho dự án tại khu công nghiệp của Công ty TNHH SEAH M&S Việt Nam:

• Thời điểm tính miễn giảm: Tính liên tục từ năm đầu tiên phát sinh thu nhập chịu thuế. Nếu trong 3 năm đầu kể từ khi có doanh thu dự án vẫn chưa có thu nhập chịu thuế thì thời gian miễn giảm thuế sẽ tự động tính từ năm thứ tư.
• Lãi tiền gửi có kỳ hạn: Được xác định là thu nhập khác, không phải là thu nhập trực tiếp từ dự án đầu tư mới, do đó không được xét ưu đãi thuế.

Công văn 415/VLO-QLDN3: Hướng dẫn của Cục Thuế tỉnh Vĩnh Long

Công văn hướng dẫn nguyên tắc lựa chọn ưu đãi thuế TNDN cho Công ty CP Tân Cảng Giao Long theo quy định của Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15:

Về điều khoản chuyển tiếp: Các dự án thực hiện trước năm 2025 vẫn được bảo lưu thời gian ưu đãi còn lại theo giấy phép cũ. Trường hợp mức ưu đãi tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP có lợi hơn, doanh nghiệp hoàn toàn được quyền lựa chọn chuyển sang áp dụng theo quy định mới tính từ kỳ tính thuế năm 2025.

4. Khuyến nghị từ Đại lý thuế Atax

Việc áp dụng chính xác ưu đãi thuế TNDN đòi hỏi bộ phận kế toán phải thường xuyên cập nhật sự thay đổi của chính sách pháp luật và kiểm soát chặt chẽ các chỉ tiêu tài chính. Để tối ưu hóa quy trình quản lý, Atax khuyên các doanh nghiệp nên ứng dụng các giải pháp công nghệ kế toán tiên tiến nhằm tự động hóa việc hạch toán riêng biệt doanh thu, chi phí của các mảng kinh doanh ưu đãi và không ưu đãi, từ đó kết xuất các báo cáo tài chính và tờ khai thuế một cách chính xác nhất.

Nếu Quý doanh nghiệp có bất kỳ vướng mắc nào trong quá trình tự xác định điều kiện và kê khai ưu đãi thuế, hãy liên hệ trực tiếp với Đại lý thuế Atax để nhận được sự tư vấn chuyên sâu và an toàn nhất từ đội ngũ chuyên gia của chúng tôi.