Phân bổ nghĩa vụ Thuế đối với người nộp Thuế có hoạt động kinh doanh khác nơi có trụ sở chính theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Chào mừng Quý độc giả và các doanh nghiệp đến với chuyên mục tư vấn nghiệp vụ của Người trợ lý Atax. Trong bối cảnh các doanh nghiệp ngày càng mở rộng quy mô hoạt động trên nhiều địa bàn tỉnh, thành phố khác nhau, việc quản lý và thực hiện nghĩa vụ thuế một cách chính xác, tuân thủ đúng quy định pháp luật là vô cùng quan trọng. Hôm nay, Atax sẽ cùng các bạn phân tích chi tiết chuyên đề về “Phân bổ nghĩa vụ thuế” đối với người nộp thuế có hoạt động kinh doanh, đơn vị phụ thuộc, hoặc địa điểm kinh doanh tại tỉnh khác nơi có trụ sở chính, căn cứ theo các quy định mới nhất tại Thông tư 89/2026/TT-BTC và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Khái niệm về phân bổ nghĩa vụ thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Theo quy định tại Khoản 2 Điều 3 Thông tư 89/2026/TT-BTC, “Phân bổ nghĩa vụ thuế” được định nghĩa một cách chặt chẽ là việc người nộp thuế thực hiện khai thuế, các khoản thu khác tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước, đồng thời xác định rõ số thuế cũng như các khoản thu khác phải nộp cho từng tỉnh nơi được hưởng nguồn thu ngân sách nhà nước (địa bàn nhận phân bổ) theo đúng quy định của pháp luật.

Quy định chung về phân bổ nghĩa vụ thuế đối với người nộp thuế kinh doanh khác nơi có trụ sở chính

Khoản 6 Điều 17 Thông tư 89/2026/TT-BTC đã thiết lập các nguyên tắc cốt lõi mà doanh nghiệp cần tuân thủ tuyệt đối:

Thứ nhất, các trường hợp phân bổ phải được thực hiện đồng bộ theo quy định tại Khoản 2 Điều 15 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Thứ hai, phương pháp phân bổ, khai thuế, nộp thuế và quyết toán thuế đối với từng loại thuế, khoản thu khác được phân bổ phải tuân thủ nghiêm ngặt theo các điều khoản cụ thể từ Điều 19 đến Điều 27 của Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Thứ ba, doanh nghiệp có trách nhiệm khai và phân bổ nghĩa vụ thuế một cách đầy đủ, chính xác, kịp thời. Tổng số thuế phân bổ cho các địa phương không được vượt quá số tiền thuế phải nộp trên hồ sơ khai thuế của người nộp thuế. Nếu không phát sinh số thuế phải nộp, doanh nghiệp không phải xác định số thuế phân bổ (trừ một số trường hợp ngoại lệ đặc thù quy định tại điểm b, c khoản 3 Điều 19 và điểm b.2 khoản 4 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC).

Thứ tư, trường hợp cơ quan thuế qua thanh tra, kiểm tra phát hiện kê khai, phân bổ không đúng, cơ quan thuế quản lý trực tiếp sẽ thực hiện xác định lại số thuế phải phân bổ và tiến hành xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.

Thứ năm, đối với các nhà máy thủy điện nằm trên nhiều địa bàn cấp tỉnh, Cục Thuế nơi có văn phòng điều hành sẽ chủ trì phối hợp với chủ đầu tư và các Cục Thuế liên quan để thống nhất tỷ lệ phân bổ cụ thể cho từng tỉnh.

Các trường hợp bắt buộc phải phân bổ nghĩa vụ thuế theo Nghị định 252/2026/NĐ-CP

Căn cứ theo quy định tại Khoản 2 Điều 15 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, nghĩa vụ phân bổ được áp dụng chi tiết đối với từng sắc thuế cụ thể nhằm đảm bảo tính công bằng và minh bạch trong việc phân chia nguồn thu ngân sách giữa các địa phương.

Đối với Thuế Giá trị gia tăng (GTGT), các hoạt động kinh doanh sau đây thuộc diện phải phân bổ:

(1) Hoạt động kinh doanh xổ số điện toán

(2) Hoạt động xây dựng có giá trị công trình theo hợp đồng từ 01 tỷ đồng trở lên (bao gồm cả thuế GTGT), trừ hoạt động xây dựng trong khu phi thuế quan, tư vấn, khảo sát, thiết kế, kế toán, bảo hiểm

(3) Hoạt động chuyển nhượng bất động sản (bao gồm cả trường hợp thu tiền ứng trước theo tiến độ)

(4) Đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất (bao gồm cả gia công, lắp ráp) và cơ sở sản xuất điện mặt trời mái nhà, trừ trường hợp người nộp thuế là doanh nghiệp siêu nhỏ

(5) Nhà máy thủy điện nằm trên nhiều địa bàn cấp tỉnh

(6) Hoạt động kinh doanh dịch vụ viễn thông cước trả sau hoặc hạ tầng viễn thông đầu tư tập trung theo hướng dẫn.

Đối với Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN), việc phân bổ được áp dụng cho:

(1) Hoạt động kinh doanh xổ số điện toán

(2) Hoạt động chuyển nhượng bất động sản (trừ trường hợp khai thuế riêng tại nơi có bất động sản)

(3) Đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất (bao gồm gia công, lắp ráp, điện mặt trời mái nhà), trừ các đơn vị phụ thuộc có thu nhập được hưởng ưu đãi thuế TNDN riêng hoặc thuộc doanh nghiệp siêu nhỏ

(4) Nhà máy thủy điện nằm trên nhiều địa bàn cấp tỉnh.

Đối với Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN):

Doanh nghiệp phải thực hiện phân bổ khi khấu trừ thuế đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công trả cho người lao động làm việc tại đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại tỉnh khác nơi đóng trụ sở chính (trừ khi các đơn vị này tự khai thuế trực tiếp); hoặc khấu trừ thuế đối với thu nhập từ trúng thưởng xổ số điện toán.

Đối với Thuế Tiêu thụ đặc biệt và Lợi nhuận sau thuế còn lại:

Việc phân bổ áp dụng đối với hoạt động kinh doanh xổ số điện toán.

Đối với Thuế Tài nguyên:

Việc phân bổ áp dụng cho hoạt động sản xuất thủy điện có hồ chứa nằm trên nhiều tỉnh.

Đối với Thuế Bảo vệ môi trường:

Áp dụng phân bổ đối với xăng dầu của các đơn vị phụ thuộc thuộc thương nhân đầu mối hoặc công ty con, và đối với hoạt động khai thác, tiêu thụ than nội địa.

Khuyến nghị từ Người trợ lý Atax:

Việc phân bổ nghĩa vụ thuế đòi hỏi sự chính xác tuyệt đối trong khâu tập hợp số liệu và xác định tỷ lệ phân bổ theo đúng quy định pháp luật. Doanh nghiệp cần chủ động rà soát hệ thống kế toán, chứng từ và các địa điểm kinh doanh phát sinh để thiết lập quy trình phân bổ chuẩn xác, tránh các rủi ro bị cơ quan thuế xử phạt hành chính hoặc tính tiền chậm nộp do phân bổ sai lệch địa bàn.

Atax hy vọng những chia sẻ chuyên môn trên đây sẽ là cẩm nang hữu ích hỗ trợ quý doanh nghiệp trong công tác quản trị thuế. Nếu có bất kỳ vướng mắc nào trong quá trình thực hiện, hãy liên hệ ngay với Atax để được tư vấn và hỗ trợ chuyên sâu nhất.

Bài viết liên quan Tổng quan về Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết luật quản lý Thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP