Tóm tắt nội dung
Chào mừng Quý độc giả và Doanh nghiệp đến với chuyên mục phân tích chính sách thuế của Người Trợ Lý Atax. Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 89/2026/TT-BTC mang đến những thay đổi có tính chất bước ngoặt trong công tác quản lý thuế, giao dịch điện tử và thủ tục hành chính. Nhằm giúp doanh nghiệp chủ động cập nhật và tuân thủ tuyệt đối các quy định mới, Atax xin tổng hợp và phân tích chi tiết các nội dung cốt lõi của thông tư này dưới góc nhìn chuyên môn mạch lạc, khách quan và chính xác nhất.
Cải cách giao dịch điện tử và đơn giản hóa hồ sơ Thuế
Điểm sáng lớn nhất của Thông tư 89/2026/TT-BTC là tinh thần tối giản thủ tục hành chính. Theo Điều 6 của Thông tư, người nộp thuế hoàn toàn không phải nộp lại các chứng từ, tài liệu đã có sẵn trong hồ sơ thuế hoặc cơ quan thuế đã khai thác trực tiếp được từ cơ sở dữ liệu quốc gia.
Đặc biệt, hệ thống quản lý thuế tích hợp chức năng hỗ trợ tự động lập tờ khai dựa trên nguồn thông tin đầy đủ sẵn có. Đối với tài khoản giao dịch, người nộp thuế thuộc đối tượng được cấp tài khoản định danh điện tử có thể sử dụng trực tiếp tài khoản này để thực hiện các giao dịch thuế điện tử theo quy định tại Điều 8 và Điều 13, đồng thời có trách nhiệm cập nhật các thông tin thay đổi đăng ký giao dịch điện tử trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày phát sinh.
Về quy trình tiếp nhận hồ sơ điện tử, hệ thống sẽ gửi phản hồi tự động ngay khi nhận được hồ sơ. Tuy nhiên, theo Điều 11 của Thông tư, doanh nghiệp cần lưu ý phản hồi này chỉ mang tính chất ghi nhận việc gửi hồ sơ, chưa đồng nghĩa với việc hồ sơ được chấp nhận.
Thời hạn để cơ quan thuế ra thông báo tiếp nhận chính thức hoặc không tiếp nhận là trong vòng 01 ngày làm việc đối với hồ sơ thông thường, và tối đa 03 ngày làm việc đối với hồ sơ hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế.
Các quy định mới về khai Thuế GTGT, TNDN và TNCN đối với Doanh nghiệp
Đối với thuế Giá trị gia tăng (GTGT), doanh nghiệp mới thành lập cần đặc biệt lưu ý cách xác định kỳ khai thuế theo Điều 19. Doanh nghiệp sẽ khai theo tháng kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm mới hoạt động nếu doanh thu năm dương lịch đầu tiên đạt trên 50 tỷ đồng (kể cả trường hợp hoạt động chưa đủ 12 tháng).
Trường hợp doanh nghiệp đang khai theo quý nhưng không còn đủ điều kiện, bắt buộc phải chuyển sang khai theo tháng từ tháng đầu của quý tiếp theo, đồng thời thực hiện khai lại các tháng của quý đã kê khai không đúng và tự xác định nghĩa vụ tiền chậm nộp phát sinh (nếu có).
Đối với các đơn vị phụ thuộc cùng tỉnh, doanh nghiệp được phép khai GTGT riêng nếu đáp ứng đủ điều kiện về con dấu, tài khoản ngân hàng, trực tiếp kinh doanh và tự hạch toán đầy đủ hóa đơn đầu ra, đầu vào. Trường hợp doanh nghiệp đang thực hiện thay đổi địa chỉ nhưng chưa hoàn thành thủ tục với cơ quan thuế nơi đến, nếu phát sinh thời hạn nộp hồ sơ khai thuế thì vẫn phải nộp hồ sơ cho cơ quan thuế nơi chuyển đi.
Về thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) quy định tại Điều 21 và Điều 22, Thông tư 89/2026/TT-BTC đã lược bỏ yêu cầu phải quyết toán thuế ngay tại thời điểm bị tách doanh nghiệp. Đồng thời, đối với trường hợp chuyển đổi loại hình mà doanh nghiệp sau chuyển đổi kế thừa toàn bộ nghĩa vụ thuế thì cũng không phải khai quyết toán đến thời điểm chuyển đổi mà thực hiện quyết toán chung khi kết thúc năm. Đối với hồ sơ quyết toán TNDN, Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia đã được tách khỏi hồ sơ khai quyết toán thuế TNDN để thực hiện theo quy định riêng về giao dịch liên kết.
Về thuế TNCN, tờ khai mẫu 05/KK-TNCN và tờ khai 02/KK-TNCN đã chính thức không còn kỳ khai thuế theo tháng. Doanh nghiệp chi trả thu nhập có lao động tại đơn vị phụ thuộc khác tỉnh được chủ động lựa chọn khai tập trung tại trụ sở chính hoặc khai riêng cho từng địa điểm thay vì bắt buộc phân bổ như trước đây. Đối với các trường hợp tổ chức khai thay, nộp thay thuế TNCN cho cá nhân chuyển nhượng vốn, toàn bộ tài liệu chứng minh giá chuyển nhượng và chi phí liên quan sẽ được lưu trữ trực tiếp tại tổ chức thay vì phải nộp kèm hồ sơ khai thuế như quy định cũ.
Quản lý Thuế Hộ kinh doanh và Thương mại điện tử (TMĐT)
Hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh (HKD, CNKD) được bổ sung cơ chế miễn một số sắc thuế, phí nếu có số thuế phải nộp trong năm trên hồ sơ khai thuế hoặc quyết toán từ 50.000 đồng trở xuống, dựa trên Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và Điều 65 của Thông tư. Atax lưu ý quy định này không áp dụng tự động cho mọi khoản thuế dưới 50.000 đồng mà phải đáp ứng đúng đối tượng cụ thể theo luật định. Khi phát hiện sai sót, HKD, CNKD thực hiện lập hồ sơ khai bổ sung cho chính kỳ tính thuế có sai sót đó.
Đối với lĩnh vực Thương mại điện tử, các nhà cung cấp nước ngoài bắt buộc phải bổ sung bảng kê chi tiết thông tin định danh của khách hàng Việt Nam có giao dịch phát sinh theo Điều 31. Các tổ chức tại Việt Nam áp dụng phương pháp khấu trừ khi mua hàng hóa, dịch vụ của nhà cung cấp nước ngoài trên nền tảng số có trách nhiệm khấu trừ, khai thay và nộp thay thuế GTGT, TNDN, TNCN theo Điều 32.
Trường hợp tổ chức Việt Nam đã thực hiện khấu trừ và nộp thay thông qua nền tảng có chức năng thanh toán trực tuyến thì phải thông báo bằng văn bản điện tử cho chủ quan nền tảng để tránh việc khấu trừ trùng lặp đối với cùng một giao dịch. Cơ quan tiếp nhận hồ sơ khai thuế của chủ quản nền tảng trong trường hợp này là Chi cục Thuế thương mại điện tử.
Hoàn Thuế, bù trừ và các thủ tục thanh tra kiểm tra Thuế mới
Cơ chế bù trừ thuế hiện nay đã được tự động hóa tối đa thông qua hệ thống quản lý thuế dựa trên mã định danh khoản phải nộp (ID) theo quy định tại Điều 36 và Điều 42. Đối với các khoản nộp thừa không có mã định danh ID, người nộp thuế phải chủ động lựa chọn khoản nộp thừa để thực hiện bù trừ đích danh với khoản nợ thuế đã được cấp ID. Một cải cách rất đáng mừng cho doanh nghiệp là thời hạn giải quyết hồ sơ gia hạn nộp thuế, nộp dần tiền thuế nợ, miễn tiền chậm nộp đã được rút ngắn đáng kể từ 10 ngày làm việc xuống chỉ còn tối đa 07 ngày làm việc.
Trong công tác hoàn thuế GTGT quy định tại Điều 46 và Điều 48, hồ sơ đề nghị hoàn đối với dự án đầu tư hoặc xuất khẩu sẽ áp dụng Tờ khai mẫu 01/GTGT hoặc 02/GTGT kèm theo Phụ lục đề nghị hoàn mẫu 01-8/GTGT ngay sau khi hệ thống cơ quan thuế được nâng cấp tương thích.
Thông tư cũng làm rõ nguyên tắc phân loại hồ sơ hoàn thuế: khi chỉ một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro cao, cơ quan thuế chỉ đưa phần rủi ro này vào diện kiểm tra trước hoàn, phần đủ điều kiện còn lại vẫn được xử lý hoàn trước theo quy định để đảm bảo tính thanh khoản dòng vốn cho doanh nghiệp.
Về hoạt động thanh kiểm tra thuế theo Điều 89, quy trình kiểm tra trực tuyến, từ xa trên nền tảng dữ liệu điện tử đã chính thức được pháp lý hóa. Phương thức này bao gồm việc mở cổng giao tiếp điện tử giữa đoàn kiểm tra và người nộp thuế, thực hiện trao đổi dữ liệu trực tuyến, ghi nhận nhật ký hệ thống (log) và chỉ chuyển sang kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế khi có các yếu tố cần xác minh thực tế.
Lời khuyên từ Người Trợ Lý Atax
Việc thấu hiểu và áp dụng chính xác Thông tư 89/2026/TT-BTC không chỉ giúp doanh nghiệp giảm thiểu tối đa các rủi ro pháp lý mà còn tận dụng tối ưu các cải cách thủ tục hành chính để tối ưu hóa nguồn lực vận hành. Atax luôn đồng hành cùng quý doanh nghiệp trên con đường chuẩn hóa thông tin tài chính – kế toán và tuân thủ pháp luật thuế một cách bền vững. Nếu quý doanh nghiệp có bất kỳ vướng mắc nào trong quá trình thực thi, hãy liên hệ trực tiếp với đội ngũ chuyên gia của Atax để nhận được sự hỗ trợ chuẩn xác và kịp thời nhất.
Liên hệ trực tiếp cho ATAX qua fanpage ĐẠI LÝ THUẾ NGƯỜI TRỢ LÝ hoặc liên hệ trực tiếp Hotline: 0988 168 368 để được tư vấn HOÀN TOÀN MIỄN PHÍ.
Chính sách Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) đối với khoản thưởng Doanh số năm 2026
