Doanh nghiệp siêu nhỏ nộp thuế TNDN như thế nào?

Doanh nghiệp siêu nhỏ nộp thuế TNDN như thế nào là nội dung được nhiều chủ doanh nghiệp và bộ phận kế toán quan tâm khi áp dụng chế độ kế toán theo Thông tư 58/2026/TT-BTC. Tại bài viết này, Atax chia sẻ các phương pháp xác định thuế thu nhập doanh nghiệp, yêu cầu về sổ kế toán và nghĩa vụ lập báo cáo tài chính để doanh nghiệp thực hiện đúng quy định.

Căn cứ xác định phương pháp nộp thuế TNDN của doanh nghiệp siêu nhỏ

Theo Thông tư 58/2026/TT-BTC, doanh nghiệp siêu nhỏ thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp căn cứ vào phương pháp nộp thuế đã đăng ký hoặc đang áp dụng với cơ quan thuế. Về cơ bản, doanh nghiệp có thể xác định số thuế TNDN phải nộp theo một trong hai phương pháp:

• Nộp thuế TNDN theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu.

• Nộp thuế TNDN trên thu nhập tính thuế.

Mỗi phương pháp có cách ghi nhận doanh thu, chi phí, hệ thống sổ kế toán và nghĩa vụ báo cáo khác nhau. Vì vậy, doanh nghiệp cần xác định đúng phương pháp áp dụng ngay từ đầu để tổ chức chứng từ, sổ sách phù hợp.

Nộp thuế TNDN theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu

Phương pháp nộp thuế TNDN theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu thường phù hợp với doanh nghiệp siêu nhỏ có ít nghiệp vụ phát sinh, mô hình hoạt động đơn giản hoặc không có nhu cầu theo dõi chi tiết toàn bộ chi phí sản xuất kinh doanh.

Theo phương pháp này, số thuế TNDN phải nộp được xác định dựa trên doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ phát sinh trong kỳ. Căn cứ ghi nhận doanh thu là hóa đơn bán hàng, hóa đơn cung cấp dịch vụ và các chứng từ kế toán hợp pháp có liên quan.

Về nguyên tắc, doanh nghiệp cần tổng hợp doanh thu theo từng nhóm hàng hóa, dịch vụ có cùng tỷ lệ tính thuế để xác định nghĩa vụ thuế tương ứng. Công thức khái quát có thể hiểu như sau:

Thuế TNDN phải nộp = Doanh thu tính thuế x Tỷ lệ thuế TNDN trên doanh thu

Để phục vụ việc theo dõi doanh thu, doanh nghiệp siêu nhỏ có thể sử dụng sổ doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ theo mẫu phù hợp, chẳng hạn Mẫu số S1-DNSN hoặc Mẫu số S3a-DNSN theo quy định tại Thông tư 58/2026/TT-BTC.

Nộp thuế TNDN trên thu nhập tính thuế

Khác với phương pháp tính theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu, phương pháp nộp thuế TNDN trên thu nhập tính thuế yêu cầu doanh nghiệp xác định đầy đủ doanh thu, thu nhập khác và các khoản chi phí được trừ theo quy định.

Doanh nghiệp phải sử dụng hóa đơn, chứng từ kế toán hợp pháp để ghi nhận các khoản doanh thu, thu nhập và chi phí phát sinh trong quá trình sản xuất kinh doanh. Đây là cơ sở quan trọng để xác định chính xác thu nhập chịu thuế và số thuế TNDN phải nộp.

Công thức khái quát thường được sử dụng trong quản trị kế toán thuế là:

Thu nhập tính thuế = Thu nhập chịu thuế – Thu nhập được miễn thuế – Các khoản lỗ được kết chuyển theo quy định

Trong đó, thu nhập chịu thuế được xác định trên cơ sở doanh thu, thu nhập khác và chi phí được trừ. Doanh nghiệp áp dụng phương pháp này cần theo dõi chi tiết các khoản mục chi phí như:

• Chi phí nguyên liệu, vật liệu, hàng hóa.

• Chi phí tiền lương, tiền công và các khoản liên quan đến người lao động.

• Chi phí khấu hao tài sản cố định.

• Chi phí dịch vụ mua ngoài.

• Chi phí lãi vay phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh.

• Các khoản chi phí hợp lý, hợp lệ khác theo quy định pháp luật thuế.

Theo Thông tư 58/2026/TT-BTC, doanh nghiệp siêu nhỏ áp dụng phương pháp nộp thuế TNDN trên thu nhập tính thuế cần sử dụng sổ chi tiết doanh thu, chi phí, chẳng hạn Mẫu số S2b-DNSN, để phản ánh đầy đủ căn cứ tính thuế.

Doanh nghiệp siêu nhỏ có phải lập báo cáo tài chính không?

Nghĩa vụ lập báo cáo tài chính của doanh nghiệp siêu nhỏ phụ thuộc vào phương pháp nộp thuế TNDN mà doanh nghiệp đang áp dụng.

Trường hợp phải lập báo cáo tài chính

Doanh nghiệp siêu nhỏ nộp thuế TNDN trên thu nhập tính thuế phải lập báo cáo tài chính theo quy định. Báo cáo tài chính phản ánh tình hình tài chính, kết quả hoạt động kinh doanh trong năm và là căn cứ phục vụ công tác quản lý, kiểm tra của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Trường hợp không bắt buộc lập báo cáo tài chính

Doanh nghiệp siêu nhỏ nộp thuế TNDN theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu không bắt buộc phải lập báo cáo tài chính. Quy định này giúp giảm khối lượng công việc kế toán, phù hợp với đặc điểm của doanh nghiệp quy mô nhỏ, ít nghiệp vụ và thực hiện nghĩa vụ thuế chủ yếu trên cơ sở doanh thu phát sinh.

Mẫu báo cáo tài chính dành cho doanh nghiệp siêu nhỏ

Đối với doanh nghiệp siêu nhỏ thuộc trường hợp phải lập báo cáo tài chính, hệ thống báo cáo tài chính năm theo Thông tư 58/2026/TT-BTC bao gồm:

• Báo cáo tình hình tài chính: Mẫu số B01-DNSN.

• Báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh: Mẫu số B02-DNSN.

Doanh nghiệp cần nộp báo cáo tài chính năm cho cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm. Kế toán cần lưu ý thời hạn này để tránh rủi ro vi phạm nghĩa vụ báo cáo.

Lưu ý kế toán khi doanh nghiệp siêu nhỏ áp dụng Thông tư 58/2026/TT-BTC

Để tuân thủ đúng quy định về thuế và kế toán, Atax khuyến nghị doanh nghiệp siêu nhỏ cần lưu ý các nội dung sau:

• Xác định chính xác phương pháp nộp thuế TNDN đang áp dụng với cơ quan thuế.

• Tổ chức hệ thống sổ kế toán phù hợp với từng phương pháp tính thuế.

• Lưu trữ đầy đủ hóa đơn, chứng từ kế toán hợp pháp để chứng minh doanh thu, chi phí và nghĩa vụ thuế.

• Phân loại doanh thu theo nhóm hàng hóa, dịch vụ nếu áp dụng phương pháp tỷ lệ phần trăm trên doanh thu.

• Theo dõi đầy đủ chi phí được trừ nếu áp dụng phương pháp nộp thuế trên thu nhập tính thuế.

• Kiểm tra thời hạn lập và nộp báo cáo tài chính nếu doanh nghiệp thuộc trường hợp bắt buộc phải lập báo cáo.

Việc tổ chức sổ sách ngay từ đầu giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót khi quyết toán thuế, đồng thời nâng cao tính minh bạch trong quản lý tài chính nội bộ.

Kết luận

Như vậy, để xác định doanh nghiệp siêu nhỏ nộp thuế TNDN như thế nào, doanh nghiệp cần căn cứ vào phương pháp nộp thuế đã đăng ký hoặc đang áp dụng. Nếu nộp theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu, doanh nghiệp tập trung theo dõi doanh thu tính thuế và không bắt buộc lập báo cáo tài chính. Nếu nộp trên thu nhập tính thuế, doanh nghiệp phải theo dõi đầy đủ doanh thu, chi phí và lập báo cáo tài chính theo quy định.

Atax cho rằng việc nắm rõ quy định tại Thông tư 58/2026/TT-BTC sẽ giúp doanh nghiệp siêu nhỏ chủ động trong công tác kế toán, kê khai thuế và quản trị tài chính, từ đó giảm thiểu rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra, đối chiếu hồ sơ.

Xem thêm Mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp mới năm 2026