Lưu ý và hướng dẫn xử phạt hành chính đối với Doanh nghiệp ở trạng thái mã số Thuế 03 và 06

Chào Quý doanh nghiệp và các bạn đồng nghiệp kế toán. Trong quá trình vận hành doanh nghiệp, việc quản lý và theo dõi trạng thái mã số thuế (MST) là cực kỳ quan trọng để đảm bảo tính tuân thủ pháp luật và hạn chế tối đa các rủi ro tài chính phát sinh. Hôm nay, Người trợ lý ATAX xin chia sẻ bài viết chuyên nghiệp phân tích chi tiết về các quy định xử phạt vi phạm hành chính đối với các doanh nghiệp đang ở trạng thái mã số Thuế 03 và 06, giúp Quý vị chủ động kiểm soát rủi ro pháp lý một cách tối ưu nhất.

Khái niệm và phân loại chi tiết trạng thái mã số thuế 03 và 06

Căn cứ theo Phụ lục 1 ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định cụ thể về danh mục trạng thái mã số thuế, hai trạng thái này được định nghĩa chuyên môn như sau:

Trạng thái 03 (Người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế):

• Trạng thái này phản ánh người nộp thuế đang trong quá trình thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế do tổ chức lại doanh nghiệp (chia, sáp nhập, hợp nhất)

• Cá nhân chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự nhưng chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế

• Doanh nghiệp chờ xác nhận chấm dứt của cơ quan đăng ký kinh doanh

• Doanh nghiệp chờ thủ tục giải thể

• Doanh nghiệp đã phá sản nhưng chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế

• nghiệp bị thu hồi Giấy phép hoạt động do vi phạm pháp luật hoặc bị áp dụng biện pháp cưỡng chế nợ thuế

• Đơn vị phụ thuộc có đơn vị chủ quản chấm dứt hiệu lực mã số thuế

• Hộ kinh doanh đang làm thủ tục để chuyển đổi lên doanh nghiệp nhỏ và vừa

Trạng thái 06 (Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký):

Trạng thái này được thiết lập khi cơ quan thuế ban hành thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký. Các trường hợp cụ thể bao gồm:

• Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký nhưng đã nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế

• Doanh nghiệp có quyết định mở hoặc tuyên bố phá sản của Tòa án gửi đến cơ quan thuế

• Doanh nghiệp bị thu hồi giấy phép hoạt động

• Hoặc đơn vị phụ thuộc có đơn vị chủ quản bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ kinh doanh đã đăng ký

Quy định xử phạt hành chính và các lưu ý pháp lý quan trọng đối với doanh nghiệp

Theo Tài liệu hướng dẫn xử phạt vi phạm hành chính do Cục Thuế ban hành dành cho doanh nghiệp ở trạng thái 03 và 06, các hành vi vi phạm phổ biến bao gồm:

• Chậm nộp hoặc không nộp hồ sơ khai thuế, phí, lệ phí

• Vi phạm quy định về hóa đơn khi mua/bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ

• Không chấp hành quyết định kiểm tra thuế, cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế

• Việc xử phạt các hành vi này độc lập với các hành vi vi phạm về đăng ký kinh doanh và kế toán nếu có

Đối với doanh nghiệp thuộc trạng thái 06 (DN 06), kế toán cần lưu ý các nguyên tắc xử lý cụ thể sau:

• Đối với các kỳ khai thuế trước ngày 05/12/2020: Các hồ sơ khai thuế chậm nộp đến nay đã hết thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính theo quy định tại Nghị định 129/2013/NĐ-CP (thời hiệu xử phạt là 02 năm). Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp còn thiếu số tiền thuế phải nộp thì cơ quan thuế vẫn thực hiện truy thu số thuế thiếu trong thời hạn 10 năm trở về trước, kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm.

• Đối với các kỳ khai thuế sau ngày 05/12/2020: Trường hợp DN 06 chậm nộp nhiều hồ sơ khai thuế nhưng thực hiện nộp tất cả các hồ sơ của cùng một sắc thuế vào cùng một ngày, căn cứ điểm b khoản 3 Điều 5 và Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp sẽ bị xử phạt về một hành vi vi phạm về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế có khung tiền phạt cao nhất trong số các hành vi đã thực hiện. Đối với các hồ sơ khai thuế chậm nộp thuộc trường hợp trốn thuế, cơ quan thuế sẽ tiến hành tách riêng để xử phạt về hành vi trốn thuế.

• Đối với tờ khai phí và lệ phí: Trường hợp DN 06 không nộp hoặc chậm nộp tờ khai phí, lệ phí thì cơ quan thuế căn cứ Nghị định 109/2013/NĐ-CP ngày 24/09/2013 và Nghị định 02/2026/NĐ-CP ngày 01/01/2026 của Chính phủ để xử phạt vi phạm hành chính đối với từng tờ khai phí, lệ phí chậm nộp. Mức tiền phạt cụ thể được áp dụng theo Điều 22 Nghị định 109/2013/NĐ-CP (có hiệu lực đến ngày 31/12/2025) và Điều 16 Nghị định 02/2026/NĐ-CP (có hiệu lực từ ngày 01/01/2026).

Nguyên tắc áp dụng khi doanh nghiệp khôi phục hoạt động và khuyến nghị từ ATAX

Khi doanh nghiệp ở trạng thái 06 quay trở lại cơ quan thuế để khôi phục hoạt động và thực hiện các thủ tục hành chính, cơ quan thuế sẽ tiến hành rà soát và xác định rõ thời điểm vi phạm để phân loại hành vi vi phạm. Không phải mọi hành vi vi phạm trong quá khứ đều bị xử phạt hành chính do phụ thuộc vào thời hiệu xử phạt của từng hành vi cụ thể. Tuy nhiên, rủi ro tài chính cực kỳ lớn nếu doanh nghiệp phát sinh số thuế thiếu (truy thu trong vòng 10 năm) hoặc có các hành vi trốn thuế, mua bán hóa đơn bất hợp pháp – những hành vi có thể dẫn đến việc xử phạt hành chính với mức phạt rất nặng hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự.

Do đó, Người trợ lý ATAX khuyến nghị các doanh nghiệp cần chủ động phối hợp với đơn vị tư vấn kế toán chuyên nghiệp để rà soát, xác định rõ thời điểm vi phạm và phân loại chi tiết các hành vi trước khi làm việc với cơ quan thuế. Điều này giúp doanh nghiệp có phương án giải trình tối ưu, đảm bảo tuân thủ đúng quy trình pháp luật hiện hành và giảm thiểu tối đa rủi ro tài chính cho đơn vị.

Liên hệ trực tiếp cho ATAX qua fanpage ĐẠI LÝ THUẾ NGƯỜI TRỢ LÝ hoặc liên hệ trực tiếp Hotline: 0988 168 368 để được tư vấn HOÀN TOÀN MIỄN PHÍ.

Nguyên tắc khấu trừ 10% Thuế thu nhập cá nhân (TNCN) áp dụng từ 01/07/2026 khi chấm dứt hợp đồng lao động