Quy định khai thuế TNCN theo Quý theo Thông tư 89/2026/TT-BTC và các lưu ý pháp lý quan trọng

Bài viết này Người trợ lý Atax sẽ chia sẻ quy định khai thuế TNCN theo quý dựa vào Thông tư 89/2026/TT-BTC Bộ tài chính ban hành nhằm hướng dẫn thi hành Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Luật Quản lý thuế. Quy định này mang lại sự đồng bộ và thống nhất trong công tác kê khai thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đối với các tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công.

Căn cứ pháp lý và quy định về kỳ kê khai thuế TNCN theo Quý:

Căn cứ Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC và Quyết định 1109/QĐ-BTC năm 2026, tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện khấu trừ thuế TNCN sẽ thực hiện khai thuế theo quý và quyết toán theo năm. Doanh nghiệp không phải thực hiện khai thuế TNCN theo tháng như trước đây mà chuyển hẳn sang hình thức khai theo quý.

Quy trình, thủ tục và thời hạn nộp hồ sơ khai thuế Quý 2/2026:

Căn cứ Mục 6 Phần II Phụ lục ban hành kèm theo Quyết định 1109/QĐ-BTC năm 2026, thủ tục khai thuế TNCN được thực hiện theo 2 bước:

Bước 1: Tổ chức, cá nhân trả thu nhập chuẩn bị hồ sơ khai thuế và nộp cho cơ quan thuế. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế quý chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu tiên thuộc quý tiếp theo. Do đó, hạn chót nộp tờ khai thuế TNCN Quý 2/2026 là ngày 31/07/2026 (Thứ 6). Trường hợp hạn nộp trùng ngày nghỉ/lễ thì được chuyển sang ngày làm việc tiếp theo. (Lưu ý: Thủ tục đăng ký chứng từ khấu trừ thuế TNCN được thực hiện riêng theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP).

Bước 2: Cơ quan thuế tiếp nhận và xử lý hồ sơ.

Thành phần hồ sơ và phương thức nộp:

Doanh nghiệp có thể lựa chọn nộp hồ sơ theo các cách thức: Nộp trực tiếp tại Trung tâm Phục vụ hành chính công (TTPVHCC) cấp tỉnh, xã; Nộp qua dịch vụ bưu chính công ích hoặc nộp trực tuyến qua Cổng dịch vụ công quốc gia.

Thành phần hồ sơ kê khai gồm: Tờ khai thuế TNCN mẫu số 05/KK-TNCN (theo Phụ lục I Nghị định 126/2020/NĐ-CP và Phụ lục II Thông tư 80/2021/TT-BTC) và Phụ lục bảng xác định số thuế TNCN phải nộp cho các địa phương được hưởng nguồn thu mẫu 05-1/PBT-KK-TNCN.

Khung xử phạt hành chính đối với hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế:

Căn cứ Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Điểm a Khoản 10 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP), mức xử phạt vi phạm được quy định cụ thể như sau:

Trệch hạn từ 01 – 05 ngày có tình tiết giảm nhẹ: Phạt cảnh cáo.

Nộp quá hạn từ 01 – 30 ngày: Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng.

Nộp quá hạn từ 31 – 60 ngày: Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng.

Nộp quá hạn từ 61 – 90 ngày hoặc trên 90 ngày nhưng không phát sinh thuế phải nộp: Phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng.

Nộp quá hạn trên 90 ngày có phát sinh thuế phải nộp: Phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng.

Ngoài phạt tiền, người nộp thuế buộc phải nộp đủ số tiền chậm nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước. Mức phạt trên áp dụng với tổ chức; cá nhân vi phạm chịu 1/2 mức phạt tiền của tổ chức.

Phương pháp tính thu nhập chịu thuế TNCN từ tiền lương, tiền công đối với cá nhân không cư trú:

Căn cứ Điều 64 Nghị định 253/2026/NĐ-CP, thuế TNCN của cá nhân không cư trú bằng tổng thu nhập từ tiền lương, tiền công nhận được do làm việc tại Việt Nam nhân (x) với thuế suất 20%. Đối với cá nhân không cư trú làm việc đồng thời tại Việt Nam và nước ngoài mà không tách riêng được thu nhập tại Việt Nam, thu nhập chịu thuế được xác định theo tỷ lệ số ngày làm việc (hoặc số ngày có mặt) tại Việt Nam trên tổng số ngày trong năm nhân với thu nhập toàn cầu trước thuế, cộng các khoản thu nhập chịu thuế khác tại Việt Nam. Khấu trừ và nộp thuế thay tuân thủ Điều 67 Nghị định 253/2026/NĐ-CP.

Khuyến nghị từ Người trợ lý Atax: Việc nắm vững các thời hạn pháp lý và quy định chuyên ngành tại Thông tư 89/2026/TT-BTC, Nghị định 252/2026/NĐ-CP, Nghị định 125/2020/NĐ-CP và Nghị định 310/2025/NĐ-CP là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp chủ động trong công tác kế toán, đảm bảo tính tuân thủ pháp luật và tối ưu hóa rủi ro tài chính.

Xem thêm Không miễn thuế TNCN đối với lương làm thêm giờ vượt mức theo Công văn 13969/ĐON-QLDN1K