Hồ sơ không chịu thuế GTGT đối với hàng nhập khẩu theo thông tư 86/2026/TT-BTC

Chào mừng Quý độc giả và cộng đồng doanh nghiệp đến với blog của Người Trợ lý Atax. Trong khuôn khổ bài viết chuyên môn hôm nay, Atax xin cung cấp những phân tích chi tiết và hệ thống hóa các quy định pháp lý mới liên quan đến lĩnh vực thuế nhập khẩu, có hiệu lực áp dụng từ ngày 01/07/2026. Đây là những thông tin trọng yếu mà bộ phận kế toán – tài chính của doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý để đảm bảo tính tuân thủ pháp luật và tối ưu hóa quy trình quyết toán thuế.

Nội dung bài viết sẽ tập trung vào ba chủ đề cốt lõi: Hồ sơ không chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu theo Thông tư 86/2026/TT-BTC, Các trường hợp bị cơ quan Hải quan ấn định thuế theo Luật Quản lý thuế 2025, và Hệ thống các loại thuế suất nhập khẩu hiện hành theo quy định của pháp luật.

Quy định về hồ sơ không chịu thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu từ ngày 01/07/2026

Theo quy định tại khoản 3 Điều 32 Thông tư 86/2026/TT-BTC, đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, ngoài bộ hồ sơ hải quan bắt buộc theo quy định của Luật Hải quan năm 2014 (đã được sửa đổi, bổ sung bởi các luật liên quan), người nộp thuế phải xuất trình thêm các chứng từ cụ thể đối với từng trường hợp như sau:

Trường hợp 1:

• Nhập khẩu máy móc, thiết bị, phụ tùng, vật tư trong nước chưa sản xuất được để sử dụng trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ

• Máy móc, thiết bị, phụ tùng thay thế, phương tiện vận tải chuyên dùng và vật tư trong nước chưa sản xuất được phục vụ hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí

• Máy bay, trực thăng, tàu lượn, giàn khoan, tàu thuyền trong nước chưa sản xuất được để tạo tài sản cố định hoặc đi thuê của nước ngoài phục vụ sản xuất, kinh doanh, cho thuê.

Chứng từ bổ sung bao gồm một trong các tài liệu:

Hợp đồng bán hàng theo kết quả đấu thầu hoặc hợp đồng cung cấp hàng hóa/dịch vụ ghi rõ giá không bao gồm thuế GTGT

Hợp đồng ủy thác nhập khẩu ghi rõ giá không bao gồm thuế GTGT

Văn bản giao nhiệm vụ của cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo số 93/2025/QH15 hoặc hợp đồng khoa học công nghệ liên quan

Hợp đồng ký với bên nước ngoài đối với trường hợp thuê tài sản chuyên dùng

Trường hợp 2:

Nhập khẩu sản phẩm quốc phòng, an ninh thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Chứng từ bổ sung gồm: Giấy xác nhận hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho quốc phòng của Bộ Quốc phòng hoặc phục vụ trực tiếp cho an ninh của Bộ Công an.

Trường hợp 3:

Công ty cho thuê tài chính nhập khẩu hàng hóa từ nước ngoài đưa trực tiếp vào khu phi thuế quan để cho doanh nghiệp trong khu phi thuế quan thuê tài chính. Chứng từ bổ sung gồm: Hợp đồng cho thuê tài chính, trong đó quy định rõ giá cho thuê tài chính không bao gồm thuế GTGT.

Trường hợp 4:

Nhà thầu nhập khẩu hàng hóa từ nước ngoài đưa trực tiếp vào doanh nghiệp chế xuất, khu phi thuế quan để xây dựng nhà xưởng, văn phòng, lắp đặt thiết bị. Chứng từ bổ sung gồm: Hợp đồng bán hàng vào doanh nghiệp chế xuất, khu phi thuế quan theo kết quả đấu thầu hoặc chỉ định thầu, trong đó quy định giá trúng thầu không bao gồm thuế nhập khẩu.

Trường hợp 5:

Nhập khẩu xuất bản phẩm để kinh doanh (bao gồm báo, tạp chí, bản tin, đặc san, sách chính trị, sách giáo khoa, giáo trình, văn bản pháp luật, sách khoa học – kỹ thuật, sách thông tin đối ngoại, tranh, ảnh, áp phích cổ động, dữ liệu điện tử…). Chứng từ bổ sung gồm: Giấy xác nhận nhập khẩu xuất bản phẩm để kinh doanh của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật về xuất bản.

Trường hợp 6:

Nhập khẩu hàng hóa để ủng hộ, tài trợ cho phòng, chống, khắc phục hậu quả thảm họa, thiên tai, dịch bệnh, chiến tranh. Chứng từ bổ sung gồm: Văn bản phê duyệt tiếp nhận hàng hóa ủng hộ, tài trợ của các cơ quan, tổ chức tiếp nhận có thẩm quyền.

Các trường hợp cơ quan Hải quan ấn định thuế theo Luật Quản lý thuế 2025

Từ ngày 01/07/2026, các trường hợp ấn định thuế của cơ quan hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được quy định chặt chẽ tại khoản 1 Điều 25 Luật Quản lý thuế 2025 nhằm phòng ngừa các hành vi gian lận thuế. Cơ quan hải quan sẽ thực hiện ấn định thuế khi phát hiện các vi phạm sau từ người nộp thuế:

Người nộp thuế sử dụng các chứng từ, tài liệu, dữ liệu không hợp pháp để khai thuế, tính thuế, không khai thuế hoặc kê khai không chính xác, không đầy đủ, không trung thực các nội dung liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế.

Quá thời hạn quy định hoặc theo yêu cầu bằng văn bản của cơ quan hải quan mà người nộp thuế không cung cấp, từ chối hoặc trì hoãn việc cung cấp hồ sơ, sổ kế toán, tài liệu, chứng từ, dữ liệu để xác định chính xác số thuế phải nộp, miễn, giảm, hoàn, không thu hoặc không chịu thuế.

Người nộp thuế không chứng minh, giải trình hoặc quá thời hạn quy định mà không giải trình được các nội dung liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế theo quy định của pháp luật.

Không ghi nhận hoặc ghi nhận không đầy đủ, không trung thực, không chính xác các số liệu trên sổ kế toán, hồ sơ, chứng từ và tài liệu kế toán liên quan để xác định nghĩa vụ thuế.

Cơ quan hải quan có đủ bằng chứng, căn cứ xác định người nộp thuế khai báo trị giá hải quan, mã số hàng hóa (HS code), hoặc xuất xứ hàng hóa không đúng với thực tế, gây ảnh hưởng trực tiếp đến số thuế phải nộp hoặc các chính sách ưu đãi thuế.

Thực hiện các giao dịch không đúng với bản chất kinh tế, không phù hợp với thực tế phát sinh, gây ảnh hưởng đến số tiền thuế phải nộp, miễn, giảm, hoàn, không thu hoặc không chịu thuế.

Người nộp thuế không tự tính được số tiền thuế phải nộp hoặc không chấp hành nghiêm túc quyết định thanh tra, kiểm tra của cơ quan hải quan.

Các trường hợp khác do cơ quan hải quan hoặc cơ quan quản lý nhà nước khác phát hiện việc kê khai, tính thuế của doanh nghiệp không đúng quy định của pháp luật.

Phân loại hệ thống thuế suất đối với hàng hóa nhập khẩu

Căn cứ quy định tại khoản 3 Điều 5 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, hệ thống thuế suất đối với hàng hóa nhập khẩu được phân định rõ ràng thành ba loại cụ thể nhằm phục vụ công tác tính thuế theo phương pháp tỷ lệ phần trăm:

Thuế suất ưu đãi: Được áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu có xuất xứ từ nước, nhóm nước hoặc vùng lãnh thổ thực hiện đối xử tối huệ quốc (MFN) trong quan hệ thương mại với Việt Nam; hoặc hàng hóa từ khu phi thuế quan nhập khẩu vào thị trường trong nước đáp ứng điều kiện xuất xứ tương ứng.

Thuế suất ưu đãi đặc biệt: Áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu có xuất xứ từ nước, nhóm nước hoặc vùng lãnh thổ có thỏa thuận ưu đãi đặc biệt về thuế nhập khẩu trong quan hệ thương mại với Việt Nam (ví dụ như các quốc gia tham gia các Hiệp định thương mại tự do FTA với Việt Nam).

Thuế suất thông thường: Áp dụng đối với các mặt hàng nhập khẩu không thuộc diện được áp dụng thuế suất ưu đãi hoặc ưu đãi đặc biệt nêu trên. Thuế suất thông thường được ấn định bằng 150% thuế suất ưu đãi của từng mặt hàng tương ứng. Trong trường hợp mức thuế suất ưu đãi bằng 0%, Thủ tướng Chính phủ sẽ căn cứ quy định pháp luật để quyết định việc áp dụng mức thuế suất thông thường phù hợp.

Khuyến nghị chuyên môn từ Người Trợ lý Atax: Việc nắm vững cấu trúc hồ sơ không chịu thuế GTGT và các kịch bản có nguy cơ bị ấn định thuế là nhiệm vụ bắt buộc của bộ phận kế toán thuế trong doanh nghiệp. Việc lưu trữ chứng từ khoa học, kiểm tra tính hợp pháp của tài liệu hải quan và xác định đúng mã HS cũng như xuất xứ hàng hóa sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu tối đa rủi ro pháp lý và chi phí phát sinh không đáng có. Trợ lý Atax luôn sẵn sàng đồng hành cùng doanh nghiệp trong việc thiết lập hệ thống kiểm soát nội bộ chuẩn mực và tối ưu hóa chi phí thuế một cách hợp pháp.

Liên hệ trực tiếp cho ATAX qua fanpage ĐẠI LÝ THUẾ NGƯỜI TRỢ LÝ hoặc liên hệ trực tiếp Hotline: 0988 168 368 để được tư vấn HOÀN TOÀN MIỄN PHÍ.

Xem thêm Cảnh Báo Quyết Liệt Từ Cơ Quan Thuế Theo Quyết Định 595/QĐ-CT Về Doanh Nghiệp Bỏ Địa Chỉ Kinh Doanh