Hướng dẫn chi tiết hồ sơ khôi phục mã số Thuế cho tổ chức theo Thông tư 90/2026/TT-BTC

Người Trợ Lý Atax xin chào Quý doanh nghiệp và Quý bạn đọc. Để giúp quý vị chủ động nắm bắt các quy định mới nhất của pháp luật về quản lý thuế, Atax xin chia sẻ bài viết phân tích chuyên sâu về thủ tục và hồ sơ đề nghị khôi phục mã số thuế (MST) đối với người nộp thuế là tổ chức theo quy định tại Thông tư 90/2026/TT-BTC (có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/07/2026).

Hồ sơ đề nghị khôi phục mã số Thuế đối với tổ chức (Khoản 4 Điều 17 Thông tư 90/2026/TT-BTC)

Căn cứ theo quy định hiện hành, hồ sơ và thời hạn thực hiện thủ tục khôi phục MST đối với người nộp thuế là tổ chức được chia thành 04 trường hợp cụ thể như sau:

Trường hợp 1:

Người nộp thuế quy định tại khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC bị cơ quan có thẩm quyền thu hồi giấy phép thành lập và hoạt động hoặc giấy phép tương đương dẫn đến việc cơ quan thuế đã chấm dứt hiệu lực MST, nhưng sau đó cơ quan có thẩm quyền ban hành văn bản hủy bỏ văn bản thu hồi.

• Thời hạn nộp hồ sơ: Chậm nhất là 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan có thẩm quyền ban hành văn bản hủy bỏ văn bản thu hồi.

• Thành phần hồ sơ bao gồm: (1) Văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế mẫu số 25/ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC; (2) Bản sao văn bản hủy bỏ văn bản thu hồi giấy phép thành lập và hoạt động hoặc giấy phép tương đương của cơ quan có thẩm quyền.

Trường hợp 2:

Sau khi cơ quan thuế đã ban hành thông báo về việc người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký theo quy định tại khoản 3 Điều 10 hoặc Điều 16 Thông tư 90/2026/TT-BTC, nhưng đơn vị chưa bị thu hồi giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (hoặc giấy phép tương đương) và chưa bị chấm dứt hiệu lực MST.

• Thời điểm nộp hồ sơ: Người nộp thuế nộp văn bản đề nghị khôi phục MST đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày cơ quan thuế ban hành thông báo về việc chấm dứt hiệu lực MST.

• Thành phần hồ sơ bao gồm: Văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế mẫu số 25/ĐKT.

• Lưu ý quan trọng về địa điểm trụ sở: Trường hợp người nộp thuế đã thay đổi địa chỉ trụ sở nhưng chưa thực hiện đăng ký thay đổi thông tin với cơ quan thuế hoặc cơ quan đăng ký kinh doanh, người nộp thuế phải ghi rõ địa chỉ trụ sở hiện tại và giải trình cụ thể lý do trong văn bản đề nghị khôi phục MST mẫu số 25/ĐKT, đồng thời nộp kèm theo hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế theo đúng quy định tại Điều 9 Thông tư 90/2026/TT-BTC.

Trường hợp 3:

Người nộp thuế quy định tại khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC có nhu cầu tiếp tục hoạt động kinh doanh sau khi đã nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực MST gửi đến cơ quan thuế theo quy định tại khoản 7 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC, nhưng cơ quan thuế chưa ban hành Thông báo chính thức về việc chấm dứt hiệu lực MST theo quy định tại Điều 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC.

• Thời điểm nộp hồ sơ: Trước ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

• Thành phần hồ sơ bao gồm: Văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế mẫu số 25/ĐKT.

Trường hợp 4:

Đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp hoặc đơn vị phụ thuộc của hợp tác xã đã nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực MST đến cơ quan thuế theo quy định tại khoản 5 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC, sau đó doanh nghiệp/hợp tác xã ban hành văn bản hủy quyết định chấm dứt hoạt động đơn vị phụ thuộc, đồng thời người nộp thuế chưa nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động của đơn vị phụ thuộc đến cơ quan đăng ký kinh doanh.

• Nơi nộp hồ sơ: Cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

• Thành phần hồ sơ bao gồm:

(1) Văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế mẫu số 25/ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC

(2) Bản sao văn bản hủy quyết định chấm dứt hoạt động của đơn vị phụ thuộc.

Điều kiện tiên quyết để được khôi phục mã số Thuế

Người trợ lý Atax lưu ý Quý doanh nghiệp: Người nộp thuế đề nghị khôi phục mã số thuế thuộc các trường hợp 2, 3 và 4 nêu trên (tương đương điểm b, c, d khoản 4 Điều 17 Thông tư 90/2026/TT-BTC) bắt buộc phải hoàn thành đầy đủ mọi nghĩa vụ về thuế theo đúng quy định tại điểm đ khoản 1 Điều 7 Nghị định 252/2026/NĐ-CP trước khi được cơ quan thuế chấp thuận khôi phục mã số thuế.

Các hình thức nộp hồ sơ đăng ký Thuế theo Thông tư 90/2026/TT-BTC

Căn cứ theo điểm b khoản 1 Điều 6 Thông tư 90/2026/TT-BTC, hồ sơ đăng ký thuế (bao gồm hồ sơ khôi phục mã số thuế) được nộp qua các phương thức sau:

Phương thức điện tử: Người nộp thuế nộp hồ sơ đến cơ quan thuế thông qua Cổng Dịch vụ công quốc gia, Ứng dụng định danh quốc gia (VNeID), hoặc Hệ thống thông tin quản lý thuế của Tổng cục Thuế (trừ các trường hợp đặc biệt quy định tại khoản 1 Điều 50 Nghị định 252/2026/NĐ-CP). Đối với phương thức này, các bản sao giấy tờ kèm theo hồ sơ phải là bản sao điện tử đúng quy chuẩn pháp lý.

Phương thức trực tiếp hoặc qua dịch vụ bưu chính: Trong trường hợp nộp hồ sơ bằng bản giấy, người nộp thuế nộp trực tiếp tại bộ phận một cửa của cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính công ích theo cơ chế một cửa, một cửa liên thông.

Tổng quan quy định về mã số Thuế theo luật quản lý Thuế 2025

Để quản trị tốt hệ thống thông tin thuế của đơn vị, Quý doanh nghiệp cần nắm rõ cấu trúc và nguyên tắc sử dụng mã số thuế theo Điều 11 Luật Quản lý thuế 2025 như sau:

Đối với cá nhân, hộ gia đình, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh: Mã số thuế là số định danh cá nhân được cấp theo quy định của pháp luật về căn cước.

Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã, tổ hợp tác, đơn vị phụ thuộc và các tổ chức khác quy định tại khoản 2 Điều 10 Luật Quản lý thuế 2025: Mã số thuế là mã số doanh nghiệp, mã số hợp tác xã, mã số tổ chức được cấp theo quy định của pháp luật.

Đối với các đối tượng khác không thuộc hai nhóm trên: Mã số thuế do cơ quan thuế trực tiếp cấp và sử dụng thống nhất trong suốt quá trình hoạt động từ khi đăng ký thuế lần đầu cho đến khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

Về nguyên tắc sử dụng, mã số thuế bắt buộc phải được ghi trên toàn bộ hóa đơn, chứng từ, hồ sơ, tài liệu khi thực hiện các giao dịch kinh doanh, thủ tục hành chính về thuế và khi mở tài khoản tại các tổ chức tín dụng, ngân hàng thương mại.

Trên đây là những thông tin pháp lý trọng yếu về hồ sơ đề nghị khôi phục mã số thuế đối với tổ chức. Người trợ lý Atax hy vọng bài viết đã cung cấp những kiến thức thực tiễn hữu ích, giúp bộ phận kế toán của Quý doanh nghiệp thực hiện các thủ tục hành chính thuế một cách chính xác, đúng hạn và tuân thủ tuyệt đối quy định pháp luật.

Liên hệ trực tiếp cho ATAX qua fanpage ĐẠI LÝ THUẾ NGƯỜI TRỢ LÝ hoặc liên hệ trực tiếp Hotline: 0988 168 368 để được tư vấn HOÀN TOÀN MIỄN PHÍ.

Xem thêm Thời hạn xử lý hồ sơ đăng ký Thuế lần đầu đối với tổ chức là bao lâu?