Khai Thuế, Quyết toán Thuế TNDN đối với hoạt động chuyển nhượng Bất động sản theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Chào mừng Quý độc giả và Quý doanh nghiệp đến với chuyên trang tư vấn nghiệp vụ của Người trợ lý ATAX. Nhằm hỗ trợ bộ phận kế toán thực hiện đúng, đủ và chính xác các nghĩa vụ thuế theo các văn bản pháp luật hiện hành, ATAX xin tổng hợp và hướng dẫn chi tiết quy trình kê khai, quyết toán thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản, kỳ kê khai thuế TNDN, cũng như phương án xử lý điều chỉnh tăng, giảm số thuế Giá trị gia tăng (GTGT) được khấu trừ theo quy định mới nhất tại Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Quy trình khai thuế, quyết toán thuế TNDN đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản (Theo Khoản 4 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC)

1. Khai thuế và tạm nộp thuế hàng quý: Người nộp thuế (NNT) không phải nộp hồ sơ khai thuế quý. Tuy nhiên, doanh nghiệp có trách nhiệm tự xác định số thuế TNDN tạm nộp hàng quý theo quy định tại điểm b.2 khoản 4 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC để chủ động nộp tiền thuế TNDN vào ngân sách nhà nước cho từng tỉnh nơi có hoạt động chuyển nhượng bất động sản phát sinh.

2. Quyết toán thuế năm: Doanh nghiệp thực hiện khai quyết toán thuế TNDN chung cho toàn bộ hoạt động chuyển nhượng bất động sản trên phạm vi toàn quốc tại trụ sở chính, sau đó nộp số tiền thuế phân bổ cho từng tỉnh nơi có hoạt động chuyển nhượng tương ứng.

3. Nguyên tắc khấu trừ số thuế tạm nộp: Số thuế đã tạm nộp trong năm tại các tỉnh (không bao gồm số thuế tạm nộp cho doanh thu thu tiền theo tiến độ mà doanh thu này chưa được tính vào doanh thu tính thuế TNDN trong năm) sẽ được trừ vào số thuế TNDN phải nộp từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản của từng tỉnh. Trường hợp chưa trừ hết, phần chênh lệch tiếp tục được trừ vào số thuế TNDN phải nộp từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản theo quyết toán tại trụ sở chính.

4. Xử lý chênh lệch quyết toán: Trường hợp số thuế đã tạm nộp theo quý nhỏ hơn số thuế phải nộp theo quyết toán trên tờ khai tại trụ sở chính, NNT phải nộp số thuế còn thiếu cho tỉnh nơi đóng trụ sở chính. Ngược lại, nếu số thuế đã tạm nộp theo quý lớn hơn số thuế phải nộp theo quyết toán, khoản chênh lệch được xác định là số thuế nộp thừa và xử lý theo quy định tại Điều 15 Luật Quản lý thuế 2025 và Điều 42 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Kỳ kê khai thuế Thu nhập doanh nghiệp (Theo Khoản 1 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC)

Về nguyên tắc chung, thuế TNDN là loại thuế tạm nộp theo quý và quyết toán theo năm, trừ các trường hợp khai thuế theo từng lần phát sinh được quy định cụ thể tại điểm b khoản 1 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Các trường hợp khai thuế TNDN theo từng lần phát sinh bao gồm:

(1) Thuế TNDN không phát sinh thường xuyên của NNT áp dụng phương pháp tỷ lệ trên doanh thu (trường hợp phát sinh nhiều lần trong tháng thì được khai theo tháng)

(2) Thuế TNDN đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản áp dụng phương pháp tỷ lệ trên doanh thu

(3) Thuế TNDN từ hoạt động bán, bán đấu giá bất động sản hoặc tài sản bảo đảm khác của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền thuộc trường hợp khấu trừ, khai thay, nộp thay theo Nghị định 252/2026/NĐ-CP

(4) Thuế TNDN từ hoạt động chuyển nhượng vốn của doanh nghiệp nước ngoài

(5) Thuế TNDN đối với hoạt động bán toàn bộ Công ty TNHH một thành viên do tổ chức làm chủ sở hữu dưới hình thức chuyển nhượng vốn có gắn với bất động sản áp dụng phương pháp tỷ lệ trên doanh thu

(6) Thuế TNDN đối với hoạt động chia lợi tức cho tổ chức đầu tư của Quỹ đầu tư chứng khoán.

Các trường hợp khai quyết toán thuế TNDN bao gồm:

(1) Khai quyết toán khi kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính (áp dụng cho cả trường hợp tạm ngừng hoạt động hoặc kinh doanh không trọn năm)

(2) Khai quyết toán đến thời điểm giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động, chấm dứt hợp đồng, cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước hoặc khi tổ chức bị chia, sáp nhập, hợp nhất.

Lưu ý, đối với các hoạt động đã thực hiện khai thuế theo từng lần phát sinh thì doanh nghiệp không phải quyết toán năm đối với các hoạt động này.

Phương án xử lý khi điều chỉnh tăng hoặc giảm số thuế GTGT được khấu trừ (Theo Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC)

Chỉ làm tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau:

NNT lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót. Đồng thời, kê khai số thuế được điều chỉnh tăng vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai GTGT của kỳ phát hiện sai sót (ngoại trừ trường hợp phát hiện sai sót về kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào).

Làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau:

Đối với trường hợp chưa đề nghị hoàn thuế, NNT lập hồ sơ khai bổ sung kỳ có sai sót và kê khai giảm vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai kỳ phát hiện sai sót.

Đối với trường hợp đã đề nghị hoàn nhưng chưa hoàn và thuộc diện hủy hồ sơ, NNT gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn, đồng thời khai giảm số đề nghị hoàn trên tờ khai bổ sung, nếu đủ điều kiện sẽ điều chỉnh tăng vào kỳ hiện hành.

Đối với trường hợp đã được hoàn trước, NNT phải khai bổ sung giảm số tiền đề nghị hoàn, nộp lại số tiền hoàn thừa cùng tiền chậm nộp, và điều chỉnh tăng khấu trừ vào kỳ hiện hành nếu đủ điều kiện.

Làm thay đổi số thuế GTGT phải nộp:

Nếu làm giảm thuế khấu trừ chuyển kỳ sau đồng thời làm tăng thuế GTGT phải nộp, NNT lập hồ sơ khai bổ sung, nộp bổ sung tiền thuế tăng thêm cùng tiền chậm nộp, và khai giảm vào chỉ tiêu điều chỉnh giảm của kỳ hiện hành.

Nếu làm giảm thuế phải nộp đồng thời làm tăng thuế khấu trừ chuyển kỳ sau, NNT lập hồ sơ khai bổ sung, phần thuế giảm sẽ được giảm tiền chậm nộp tương ứng hoặc được xử lý bù trừ, hoàn thuế, đồng thời kê khai tăng khấu trừ trên tờ khai kỳ hiện hành.

Khai bổ sung ảnh hưởng đồng thời đến tờ khai mẫu số 01/GTGT và 02/GTGT:

Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định cơ chế điều chỉnh riêng cho từng tình huống. Cụ thể, khi điều chỉnh giảm thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh (chỉ tiêu [40a] trên tờ khai 01) dẫn đến phải giảm chỉ tiêu bù trừ thuế GTGT của dự án đầu tư (chỉ tiêu [40b] trên tờ khai 01), NNT phải khai bổ sung điều chỉnh giảm chỉ tiêu [28a] hoặc [28b] trên tờ khai mẫu số 02/GTGT tương ứng, và khai số tiền giảm vào chỉ tiêu [25] trên tờ khai 02 của kỳ phát hiện sai sót.

Đối với trường hợp điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư làm phát sinh nghĩa vụ nộp thêm thuế GTGT và tiền chậm nộp, quy trình điều chỉnh tương tự cũng được áp dụng chặt chẽ trên cả hai tờ khai mẫu 01 và 02 của các kỳ liên quan.

Đối với trường hợp phát hiện sai sót trên tờ khai mẫu số 02/GTGT sau khi dự án đầu tư đã hoàn thành, doanh nghiệp không khai bổ sung tờ khai mẫu số 02/GTGT mà thực hiện điều chỉnh trực tiếp trên tờ khai mẫu số 01/GTGT của kỳ phát hiện sai sót thông qua chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng/giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước”.

Các trường hợp không phải lập hồ sơ khai bổ sung:

NNT được kế thừa số thuế GTGT còn được khấu trừ từ đơn vị cũ do chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất hoặc chấm dứt hoạt động đơn vị phụ thuộc thì không phải lập hồ sơ khai bổ sung. NNT căn cứ vào Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế để kê khai trực tiếp vào chỉ tiêu “Thuế GTGT nhận bàn giao được khấu trừ trong kỳ” trên tờ khai mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế nhận được thông báo.

Trên đây là những nội dung hướng dẫn nghiệp vụ chuẩn xác và cập nhật nhất từ Người trợ lý ATAX. Việc kiểm soát chặt chẽ quy trình kê khai và tuân thủ các quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp tối ưu hóa công tác kế toán thuế và hạn chế tối đa các rủi ro pháp lý. Kính chúc Quý doanh nghiệp thực hiện thành công và quản trị tài chính hiệu quả.

Liên hệ trực tiếp cho ATAX qua fanpage ĐẠI LÝ THUẾ NGƯỜI TRỢ LÝ hoặc liên hệ trực tiếp Hotline: 0988 168 368 để được tư vấn HOÀN TOÀN MIỄN PHÍ.

Xem thêm Cảnh Báo Quyết Liệt Từ Cơ Quan Thuế Theo Quyết Định 595/QĐ-CT Về Doanh Nghiệp Bỏ Địa Chỉ Kinh Doanh