Những thay đổi trọng yếu về khai Thuế nhà thầu nước ngoài theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Chào mừng Quý độc giả đến với chuyên mục phân tích chính sách thuế của Người Trợ Lý Atax. Nhằm hỗ trợ quý doanh nghiệp chủ động trong công tác quản lý tài chính và tuân thủ đúng quy định pháp luật hiện hành, Atax xin tổng hợp những điểm thay đổi trọng yếu về việc khai thuế nhà thầu nước ngoài theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC, có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/07/2026.

Nghĩa vụ quyết toán thuế đối với trường hợp nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) theo tỷ lệ % trên doanh thu tính thuế (phương pháp trực tiếp):

Theo quy định mới tại Điều 30 Thông tư 89/2026/TT-BTC và hướng dẫn cụ thể tại Mục 3.14 Công văn số 5746/CT-CS năm 2026, người nộp thuế chỉ phải thực hiện khai quyết toán khi kết thúc hợp đồng nhà thầu nếu có phát sinh thay đổi về số thuế đã khai và nộp. Sự điều chỉnh này giúp đơn giản hóa thủ tục hành chính, giảm bớt gánh nặng tuân thủ cho doanh nghiệp so với quy định trước đây vốn bắt buộc phải khai quyết toán khi kết thúc hợp đồng trong mọi trường hợp.

Bên cạnh đó, cơ quan quản lý thuế cũng đã chính thức bớt một số tài liệu kèm theo hồ sơ khai thuế nhà thầu nhằm tối ưu hóa quy trình. Cụ thể, doanh nghiệp không còn phải nộp kèm bản sao giấy phép kinh doanh hoặc giấy phép hành nghề, bảng kê chứng từ nộp thuế, bản thanh lý hợp đồng, và các phụ lục phân bổ thuế giá trị gia tăng (GTGT) phải nộp của nhà thầu nước ngoài cho các địa phương nơi được hưởng nguồn thu.

Ngoài ra, một số chỉ tiêu trên các mẫu biểu tờ khai đã được sửa đổi để bảo đảm tính thống nhất với luật thuế TNDN và phù hợp hơn với thực tế giao dịch. Điển hình là việc chuyển đổi chỉ tiêu ‘doanh thu chưa bao gồm thuế GTGT’ tại các tờ khai 01/NTNN,NCCNN (trước đây là tờ khai 01/NTNN), 02/NTNN, 02-1/NTNN, và 04/NTNN thành chỉ tiêu ‘doanh thu tính thuế’. Chỉ tiêu ‘doanh thu lưu Container (không bao gồm thuế GTGT)’ được sửa đổi thành ‘doanh thu Container (doanh thu tính thuế)’, và chỉ tiêu tương tự tại cột số 5 của tờ khai 01/NTNN,NCCNN được chuyển đổi thành ‘số tiền thanh toán’.

Hồ sơ khai thuế nhà thầu nước ngoài theo Thông tư 89/2026/TT-BTC cho từng trường hợp cụ thể:

Đối với phương pháp khấu trừ (kê khai doanh thu, chi phí), kỳ khai thuế thực hiện theo kỳ thuế GTGT và TNDN thông thường mà không có yêu cầu hồ sơ kèm theo riêng biệt. Đối với phương pháp trực tiếp trên doanh thu, kỳ khai theo từng lần phát sinh hoặc theo tháng sử dụng tờ khai mẫu số 01/NTNN,NCCNN kèm bản sao hợp đồng nhà thầu cho lần khai đầu tiên, hồ sơ quyết toán khi kết thúc hợp đồng gồm tờ khai mẫu số 02/NTNN và các phụ lục số 02-1/NTNN, 02-2/NTNN.

Đối với phương pháp hỗn hợp, hồ sơ khai theo từng lần phát sinh hoặc theo tháng sử dụng tờ khai mẫu số 03/NTNN kèm bản sao hợp đồng cho lần khai đầu tiên, và hồ sơ quyết toán khi kết thúc hợp đồng gồm tờ khai mẫu số 04/NTNN cùng phụ lục số 02-2/NTNN.

Đối với các ngành đặc thù, hãng hàng không nước ngoài khai thuế theo quý bằng mẫu số 01/HKNN kèm bản sao hợp đồng cho lần đầu, hãng vận tải nước ngoài thực hiện tạm nộp theo quý và quyết toán năm bằng mẫu số 01/VTNN cùng các phụ lục 01-1, 01-2, 01-3/VTNN, doanh nghiệp tái bảo hiểm nước ngoài thực hiện khai theo quý bằng tờ khai mẫu số 01/TBH kèm phụ lục số 01-1/TBH.

Cập nhật văn bản pháp lý nền tảng điều chỉnh thuế nhà thầu áp dụng cho giai đoạn này bao gồm:

Luật Quản lý thuế năm 2025 (có hiệu lực từ ngày 01/07/2026)

Nghị định số 252/2026/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế

Thông tư số 89/2026/TT-BTC hướng dẫn hồ sơ khai thuế nhà thầu

Thông tư số 69/2025/TT-BTC về thuế GTGT đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam

Thông tư số 20/2026/TT-BTC về thuế TNDN đối với doanh nghiệp nước ngoài

Việc hiểu rõ và áp dụng chính xác các quy định mới về thuế nhà thầu nước ngoài không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa chi phí tuân thủ mà còn phòng tránh tối đa các rủi ro pháp lý trong các kỳ thanh tra, kiểm tra thuế. Người Trợ Lý Atax sẽ luôn đồng hành và tiếp tục cập nhật những hướng dẫn nghiệp vụ chuyên sâu nhất đến quý doanh nghiệp trong các bản tin tiếp theo.

Liên hệ trực tiếp cho ATAX qua fanpage ĐẠI LÝ THUẾ NGƯỜI TRỢ LÝ hoặc liên hệ trực tiếp Hotline: 0988 168 368 để được tư vấn HOÀN TOÀN MIỄN PHÍ.

Chi tiết mức xử phạt hành vi trốn đóng Bảo hiểm xã hội bắt buộc từ ngày 10/09/2026