Hướng dẫn chi tiết kê khai bổ sung Thuế GTGT sai sót theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Bài viết hôm nay, Atax sẽ hướng dẫn chi tiết cách xử lý kê khai bổ sung thuế GTGT bị sai sót theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC và cập nhật chính sách thuế suất năm 2026.

Trong hoạt động quản trị tài chính – kế toán của doanh nghiệp, việc phát sinh sai sót trên tờ khai thuế GTGT là điều khó tránh khỏi. Tuy nhiên, việc xử lý các sai sót này đòi hỏi sự cẩn trọng, chính xác và phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định pháp luật hiện hành.

Quy định mới về kê khai bổ sung Thuế GTGT theo thông tư 89/2026/TT-BTC

Căn cứ Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC, việc xử lý kê khai bổ sung đối với từng trường hợp sai sót cụ thể được quy định như sau:

1. Trường hợp chỉ làm tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau:

Ngoại trừ trường hợp phát hiện sai sót về kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào, người nộp thuế thực hiện lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót. Sau đó, kê khai số thuế được điều chỉnh tăng vào chỉ tiêu ‘Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước’ trên tờ khai GTGT của kỳ phát hiện sai sót.

2. Trường hợp làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau:

Tùy thuộc vào trạng thái hồ sơ hoàn thuế, người nộp thuế áp dụng một trong các cách xử lý sau:

• Chưa đề nghị hoàn thuế: Lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót, đồng thời kê khai số thuế điều chỉnh giảm vào chỉ tiêu ‘Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước’ trên tờ khai của kỳ phát hiện sai sót.

• Đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được hoàn và thuộc trường hợp hủy hồ sơ hoàn: Người nộp thuế phải gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế, đồng thời kê khai giảm chỉ tiêu đề nghị hoàn trên hồ sơ khai bổ sung. Trường hợp đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ, số thuế điều chỉnh giảm được kê khai vào chỉ tiêu ‘Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước’.

• Đã được cơ quan thuế hoàn thuế theo diện hoàn trước: Người nộp thuế phải khai bổ sung giảm số thuế đề nghị hoàn, tăng số thuế thu hồi hoàn trên tờ khai bổ sung; thực hiện nộp lại số tiền thuế thu hồi hoàn và tiền chậm nộp theo đúng quy định. Nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ, số thuế điều chỉnh giảm tiếp tục được kê khai vào chỉ tiêu ‘Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước’.

Bài viết liên quan Mẫu tờ khai thuế GTGT, cách lập và kê khai trên HTKK 2026

3. Trường hợp làm thay đổi số thuế GTGT phải nộp được chia làm hai tình huống cụ thể:

• Làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, đồng thời làm tăng số thuế GTGT phải nộp: Người nộp thuế lập hồ sơ khai bổ sung, thực hiện nộp phần thuế tăng thêm và tiền chậm nộp phát sinh. Đồng thời, phần thuế GTGT được khấu trừ điều chỉnh giảm được kê khai vào chỉ tiêu ‘Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước’.

• Làm giảm số thuế GTGT phải nộp, đồng thời làm tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau: Người nộp thuế lập hồ sơ khai bổ sung. Phần thuế GTGT phải nộp điều chỉnh giảm sẽ được giảm tiền chậm nộp (nếu có), trường hợp đã nộp vào ngân sách nhà nước thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn thuế theo quy định. Số thuế GTGT được khấu trừ tăng thêm sẽ được kê khai vào chỉ tiêu ‘Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước’.

4. Trường hợp khai bổ sung ảnh hưởng đồng thời đến tờ khai mẫu 01/GTGT và mẫu 02/GTGT:

Thông tư số 89/2026/TT-BTC quy định cụ thể cách điều chỉnh tương ứng với từng tình huống, bao gồm: Điều chỉnh giảm thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh dẫn đến điều chỉnh chỉ tiêu bù trừ thuế GTGT của dự án đầu tư. Điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư làm phát sinh nghĩa vụ nộp thêm thuế GTGT và tiền chậm nộp.

Đối với sai sót trên tờ khai mẫu số 02/GTGT phát hiện sau khi dự án đầu tư đã hoàn thành, thực hiện điều chỉnh trực tiếp trên tờ khai mẫu số 01/GTGT của kỳ phát hiện sai sót mà không khai bổ sung tờ khai mẫu số 02/GTGT.

5. Các trường hợp không phải lập hồ sơ khai bổ sung thuế GTGT:

Người nộp thuế được kế thừa số thuế GTGT còn được khấu trừ từ đơn vị do chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất hoặc chấm dứt hoạt động đơn vị phụ thuộc thì không phải thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Thay vào đó, căn cứ vào Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế để kê khai trực tiếp vào chỉ tiêu ‘Thuế GTGT nhận bàn giao được khấu trừ trong kỳ’ trên tờ khai mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế nhận được thông báo.

Cập nhật chính sách thuế suất Thuế GTGT năm 2026

Theo Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2024, các mức thuế suất thuế GTGT áp dụng hiện hành bao gồm: 0%, 5% và 10%. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần lưu ý chính sách đặc thù áp dụng từ ngày 01/07/2025 đến hết ngày 31/12/2026: Các đơn vị kinh doanh được áp dụng chính sách giảm 2% thuế suất thuế GTGT (áp dụng đối với các mặt hàng, dịch vụ đang chịu mức thuế suất 10% xuống còn 8%) theo quy định tại Nghị định số 174/2025/NĐ-CP và Nghị quyết số 204/2025/QH15. Kế toán cần chủ động tra cứu danh mục hàng hóa, dịch vụ không được giảm thuế để xuất hóa đơn đúng thuế suất quy định.

Hệ thống mẫu tờ khai thuế GTGT mới nhất theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Nhằm hỗ trợ công tác thực hành kê khai, Atax tổng hợp danh mục các mẫu tờ khai thuế GTGT mới nhất quy định tại Phụ lục I Thông tư số 89/2026/TT-BTC bao gồm:

Tờ khai mẫu số 01/GTGT (áp dụng cho phương pháp khấu trừ đối với hoạt động sản xuất kinh doanh)

Tờ khai mẫu số 02/GTGT (áp dụng cho dự án đầu tư thuộc diện hoàn thuế)

Tờ khai mẫu số 03/GTGT và 04/GTGT (áp dụng cho phương pháp trực tiếp)

Tờ khai mẫu số 05/GTGT (áp dụng cho hoạt động xây dựng, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh)

cùng các phụ lục phân bổ thuế đi kèm như mẫu số 01-3/GTGT, 01-6/GTGT, 01-7/GTGT và phụ lục thông tin đề nghị hoàn thuế mẫu số 01-8/GTGT.

Lời khuyên chuyên môn từ Người trợ lý Atax: Việc kiểm soát dữ liệu kế toán và tờ khai thuế đòi hỏi sự nhất quán tuyệt đối. Trước khi tiến hành lập hồ sơ bổ sung điều chỉnh, doanh nghiệp cần rà soát kỹ lưỡng chứng từ gốc để đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ và hợp lý. Mọi hành vi sai sót dẫn đến chậm nộp tiền thuế đều phát sinh rủi ro tài chính không đáng có cho doanh nghiệp.

Hãy liên hệ với Người trợ lý Atax nếu bạn cần hỗ trợ rà soát hồ sơ thuế chuyên sâu. Chúc quý doanh nghiệp vận hành thuận lợi và tuân thủ đúng pháp luật thuế!

Hướng dẫn xuất hóa đơn trả lại hàng theo Thông tư 91/2026/TT-BTC