Năm 2026 khai Thuế GTGT theo tháng hay theo quý theo Thông tư 89/2026/TT-BTC?

Chào mừng Quý độc giả đến với Blog Kế toán của Người Trợ Lý Atax. Trong công tác quản trị tài chính – kế toán của doanh nghiệp, việc xác định đúng kỳ tính thuế và tuân thủ thời hạn nộp hồ sơ khai thuế Giá trị gia tăng (GTGT) là nghĩa vụ bắt buộc, quyết định tính tuân thủ pháp lý của tổ chức. Nhằm cung cấp thông tin chuẩn xác và kịp thời cho năm tài chính 2026, Atax xin tổng hợp các quy định mới nhất về kỳ khai thuế GTGT, các trường hợp khai theo từng lần phát sinh, hệ thống mẫu biểu tờ khai và khung xử phạt chậm nộp hành chính hiện hành.

Nguyên tắc xác định kỳ khai thuế GTGT theo tháng hoặc theo quý năm 2026

Căn cứ quy định tại Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC, khai thuế GTGT về cơ bản là loại khai thuế theo tháng. Tuy nhiên, người nộp thuế có thể lựa chọn phương thức khai thuế theo quý nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện được quy định cụ thể tại điểm b và điểm c khoản 1 Điều 19 Thông tư này.

Đối với người nộp thuế đang hoạt động sản xuất kinh doanh:

Người nộp thuế thuộc diện khai thuế GTGT theo tháng được quyền lựa chọn khai thuế theo quý nếu tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống. Doanh thu này được xác định dựa trên tổng doanh thu ghi nhận trên các tờ khai thuế GTGT của các kỳ tính thuế trong năm dương lịch. Trong trường hợp người nộp thuế thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính cho các đơn vị phụ thuộc hoặc địa điểm kinh doanh, doanh thu tính thuế sẽ bao gồm cả phần doanh thu của các đơn vị phụ thuộc và địa điểm kinh doanh này.

Đối với người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh:

Doanh nghiệp mới thành lập được quyền lựa chọn khai thuế GTGT theo quý. Sau khi cơ sở sản xuất kinh doanh hoạt động đủ 12 tháng, kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo của năm đã đủ 12 tháng, người nộp thuế căn cứ vào mức doanh thu của năm trước liền kề (đủ 12 tháng) để xác định kỳ tính thuế GTGT ổn định theo tháng hoặc theo quý. Trường hợp doanh thu của năm dương lịch mới bắt đầu hoạt động trên 50 tỷ đồng (kể cả trường hợp hoạt động không đủ 12 tháng), người nộp thuế bắt buộc phải thực hiện kê khai theo tháng kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo.

Thủ tục đăng ký và thay đổi kỳ tính thuế:

Người nộp thuế đáp ứng tiêu chí khai thuế theo quý có quyền lựa chọn khai theo tháng hoặc theo quý ổn định trọn năm dương lịch. Trường hợp đang thực hiện khai thuế theo tháng và đủ điều kiện chuyển sang khai theo quý, người nộp thuế phải nộp Văn bản đề nghị thay đổi kỳ tính thuế từ tháng sang quý theo mẫu số 01/ĐK-TĐKTT (Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC) gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là ngày 31 tháng 01 của năm bắt đầu áp dụng kỳ khai thuế theo quý.

Xử lý trường hợp không đủ điều kiện khai thuế theo quý:

Nếu người nộp thuế tự phát hiện hoặc cơ quan thuế kiểm tra phát hiện người nộp thuế không đủ điều kiện khai thuế theo quý, doanh nghiệp phải chuyển sang khai thuế theo tháng kể từ tháng đầu tiên của quý tiếp theo. Đồng thời, người nộp thuế phải nộp lại hồ sơ khai thuế GTGT theo tháng của các quý trước đó và tự xác định, nộp tiền chậm nộp theo quy định của pháp luật. Đáng lưu ý, người nộp thuế sẽ không bị xử phạt vi phạm hành chính về hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế đối với các hồ sơ phải nộp lại do thay đổi kỳ tính thuế này.

Các trường hợp thực hiện khai thuế GTGT theo từng lần phát sinh năm 2026

Phương thức khai thuế GTGT theo từng lần phát sinh được áp dụng nghiêm ngặt đối với các trường hợp được quy định rõ ràng sau đây:

Trường hợp thứ nhất: Thuế GTGT của người nộp thuế thuộc diện không phải nộp hồ sơ khai thuế định kỳ theo quy định tại Điều 11 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP hoặc người nộp thuế tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp nhưng phát sinh nghĩa vụ thuế đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản.

Trường hợp thứ hai: Thuế GTGT không phát sinh thường xuyên của người nộp thuế áp dụng phương pháp trực tiếp. Đối với trường hợp này, nếu trong tháng phát sinh nhiều lần thì người nộp thuế được lựa chọn chuyển sang khai theo tháng.

Trường hợp thứ ba: Thuế GTGT của người nộp thuế thuộc các trường hợp đề nghị cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh theo quy định pháp luật về hóa đơn chứng từ.

Trường hợp thứ tư: Thuế GTGT của người nộp thuế áp dụng phương pháp khấu trừ thuế có hoạt động xây dựng hoặc hoạt động chuyển nhượng bất động sản tại địa bàn tỉnh khác với nơi đóng trụ sở chính, có giá trị công trình xây dựng (bao gồm cả thuế GTGT) từ 01 tỷ đồng trở lên (ngoại trừ hoạt động xây dựng trong khu phi thuế quan và các dịch vụ tư vấn, khảo sát, thiết kế, kế toán, bảo hiểm). Nếu trong tháng phát sinh nhiều lần thì được kê khai theo tháng.

Trường hợp thứ năm: Thuế GTGT của tổ chức thực hiện khấu trừ, nộp thay số thuế đã khấu trừ và tổ chức khai thuế thay, nộp thay thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 và các điểm c.1, d, k khoản 2 Điều 22 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (được phép khai theo tháng nếu trong tháng phát sinh nhiều lần).

Tổng hợp hệ thống mẫu tờ khai thuế GTGT mới nhất theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Nhằm hỗ trợ công tác kê khai chính xác, dưới đây là danh mục biểu mẫu tờ khai GTGT ban hành kèm theo Phụ lục I Thông tư 89/2026/TT-BTC doanh nghiệp cần áp dụng:

• Mẫu số 01/GTGT: Tờ khai thuế GTGT áp dụng đối với người nộp thuế tính thuế theo phương pháp khấu trừ có hoạt động sản xuất kinh doanh.

• Mẫu số 01-2/GTGT: Tờ khai thuế GTGT áp dụng đối với người nộp thuế tính thuế theo phương pháp khấu trừ có hoạt động sản xuất kinh doanh (bản đầy đủ).

• Mẫu số 01-3/GTGT: Phụ lục bảng phân bổ số thuế GTGT phải nộp đối với hoạt động kinh doanh xổ số điện toán.

• Mẫu số 01-6/GTGT: Phụ lục bảng phân bổ số thuế GTGT phải nộp (Trừ hoạt động sản xuất thủy điện, kinh doanh xổ số điện toán).

• Mẫu số 01-7/GTGT: Bảng phân bổ số thuế GTGT đầu vào cho các đơn vị phụ thuộc.

• Mẫu số 01-8/GTGT: Phụ lục thông tin đề nghị hoàn thuế GTGT.

• Mẫu số 05/GTGT: Tờ khai thuế GTGT dành cho hoạt động xây dựng, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh theo từng lần phát sinh hoặc theo kỳ tính thuế tháng/quý.

• Mẫu số 02/GTGT: Tờ khai thuế GTGT dành cho người nộp thuế tính thuế theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế.

• Mẫu số 03/GTGT: Tờ khai thuế GTGT áp dụng đối với hoạt động mua bán, chế tác vàng bạc, đá quý tính thuế theo phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng.

• Mẫu số 04/GTGT: Tờ khai thuế GTGT áp dụng đối với người nộp thuế tính thuế theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu.

Chế tài xử phạt hành chính đối với hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế năm 2026

Mức xử phạt đối với hành vi vi phạm về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế được thực hiện căn cứ theo Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi khoản 10 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP). Cụ thể khung hình phạt áp dụng cho tổ chức như sau:

• Phạt cảnh cáo: Áp dụng cho hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 01 đến 05 ngày và có tình tiết giảm nhẹ.

• Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng: Áp dụng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn từ 01 đến 30 ngày (trừ trường hợp phạt cảnh cáo nêu trên).

• Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng: Áp dụng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 31 đến 60 ngày.

• Phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng, Áp dụng cho các hành vi: nộp hồ sơ quá thời hạn từ 61 đến 90 ngày, nộp hồ sơ quá thời hạn từ 91 ngày trở lên nhưng không phát sinh số thuế phải nộp, không nộp hồ sơ khai thuế nhưng không phát sinh số thuế phải nộp, hoặc không nộp các phụ lục theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết.

• Phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng: Áp dụng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn trên 90 ngày, có phát sinh số thuế phải nộp và người nộp thuế đã nộp đủ tiền thuế, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế hoặc trước khi lập biên bản vi phạm hành chính.

Lưu ý quan trọng về đối tượng bị xử phạt:

Khung tiền phạt nêu trên là mức phạt áp dụng đối với tổ chức. Trường hợp cá nhân có cùng hành vi vi phạm hành chính về thuế thì mức phạt tiền bằng 1/2 lần mức phạt tiền đối với tổ chức, căn cứ theo Khoản 4 Điều 7 và Khoản 5 Điều 5 Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Đồng thời, đối với tất cả các hành vi chậm nộp quá hạn, doanh nghiệp bắt buộc phải thực hiện biện pháp khắc phục hậu quả là nộp đủ số tiền thuế chậm nộp vào ngân sách nhà nước.

Trên đây là toàn bộ hướng dẫn chuyên môn từ Người Trợ Lý Atax về kỳ kê khai thuế GTGT và các chế tài đi kèm áp dụng cho năm tài chính 2026. Doanh nghiệp cần chủ động rà soát doanh thu thực tế của năm liền kề và đối chiếu chính xác với các quy định pháp luật để thực hiện nghĩa vụ thuế một cách tối ưu, đúng hạn và hạn chế tối đa các rủi ro pháp lý phát sinh.

Liên hệ trực tiếp cho ATAX qua fanpage ĐẠI LÝ THUẾ NGƯỜI TRỢ LÝ hoặc liên hệ trực tiếp Hotline: 0988 168 368 để được tư vấn HOÀN TOÀN MIỄN PHÍ.

Xem thêm Hồ sơ khai Thuế GTGT đối với địa điểm kinh doanh cùng tỉnh theo Thông tư 89/2026/TT-BTC