Phân tích 7 điểm thay đổi cốt lõi về kê khai Thuế theo Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC

Ngày 01/07/2026 đánh dấu mốc quan trọng trong công tác quản lý tài chính doanh nghiệp khi Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và Thông tư số 89/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực thi hành. Nhằm hỗ trợ người nộp thuế chủ động kiểm soát rủi ro và tuân thủ đúng quy định pháp luật hiện hành, Atax xin cung cấp bài phân tích chi tiết và khách quan về 7 thay đổi trọng yếu liên quan đến thủ tục kê khai thuế dưới góc nhìn chuyên môn chuẩn xác nhất.

1. Điều chỉnh về hồ sơ khai thuế và bổ sung trường hợp miễn nộp hồ sơ

Về cơ cấu mẫu biểu, Thông tư 89/2026/TT-BTC kế thừa khung hồ sơ cũ nhưng chuẩn hóa lại thành 19 nhóm mẫu biểu tại Phụ lục I. Điểm mới quan trọng nằm ở Điều 11 Nghị định 252/2026/NĐ-CP khi bổ sung thêm 6 trường hợp không phải nộp hồ sơ khai thuế, nâng tổng số trường hợp được miễn lên con số 13.

Điển hình là trường hợp tổ chức Việt Nam khấu trừ thuế thay cho nhà thầu nước ngoài nhưng trong tháng không phát sinh giao dịch, hoặc trường hợp cơ quan thuế đã trực tiếp khai thác số liệu từ cơ sở dữ liệu chung để tính thuế tự động.

2. Cải cách kỳ tính thuế và kỳ khai thuế

Quy định mới thống nhất việc tất cả các tổ chức chi trả thu nhập thực hiện khai thuế thu nhập cá nhân (TNCN) khấu trừ từ tiền lương, tiền công theo quý, hoàn toàn độc lập với kỳ khai thuế giá trị gia tăng (GTGT).

Đối với doanh nghiệp mới thành lập, cơ chế khai thuế GTGT theo quý vẫn được áp dụng trong năm đầu tiên. Tuy nhiên, nếu doanh thu của năm đầu tiên vượt ngưỡng 50 tỷ đồng, doanh nghiệp bắt buộc phải chuyển sang khai thuế theo tháng kể từ năm dương lịch tiếp theo.

3. Chuẩn hóa thời hạn nộp hồ sơ khai thuế

Đối với hồ sơ khai thuế theo từng lần phát sinh, thời hạn nộp được nới lỏng nhẹ, chuyển từ chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ sang chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày tiếp theo ngày phát sinh nghĩa vụ thuế.

Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế năm được xác định chính xác là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc kỳ quyết toán thuế. Đặc biệt, đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản đã có Giấy chứng nhận, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế TNCN được ấn định là ngày cuối cùng của thời hạn đăng ký biến động đất đai.

4. Cập nhật mẫu biểu kê khai thuế giá trị gia tăng

Tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC được bổ sung thêm chỉ tiêu số 32b về giá trị không tính vào giá tính thuế và chỉ tiêu số 34a về doanh thu không thuộc phạm vi điều chỉnh của Luật Thuế GTGT.

Sự thay đổi này yêu cầu kế toán phải phân loại và bóc tách dữ liệu doanh thu chính xác ngay từ khâu thiết lập chứng từ ban đầu, áp dụng chính thức từ kỳ tính thuế tháng 7 năm 2026 và quý III năm 2026.

5. Cập nhật tờ khai quyết toán thuế TNDN và thời hạn tạm nộp thuế

Các mẫu tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm mẫu 03/TNDN và mẫu 04/TNDN được điều chỉnh toàn diện để tương thích với các quy định mới của Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15.

Đồng thời, thời hạn tạm nộp thuế TNDN theo quý được sửa đổi thành chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau, thay thế cho thời hạn cũ là ngày 30 của tháng đầu quý sau.

6. Phương án linh hoạt trong khai thuế TNCN đối với đơn vị phụ thuộc

Khi trụ sở chính trực tiếp chi trả thu nhập cho người lao động làm việc tại các đơn vị phụ thuộc ở tỉnh khác, doanh nghiệp được quyền chủ động lựa chọn một trong hai phương thức: Thực hiện khai tập trung tại trụ sở chính rồi phân bổ số thuế phải nộp về từng địa phương nơi người lao động làm việc, hoặc tiến hành khai và nộp thuế trực tiếp cho cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc đó.

7. Siết chặt quy định khai bổ sung hồ sơ khai thuế

Đây là thay đổi mang tính cốt lõi khi thời hạn được phép thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế bị rút ngắn từ 10 năm xuống còn 5 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ của kỳ có sai sót. Bên cạnh đó, Luật Quản lý thuế 2025 bổ sung chế tài nghiêm ngặt: Khi quá thời hạn 5 năm, người nộp thuế không được tự ý khai bổ sung mà phải nộp hồ sơ giải trình để cơ quan thuế xem xét xử lý. Đối với các trường hợp có kết luận vi phạm hóa đơn của cơ quan chức năng đối với bên bán, bên mua bắt buộc phải khai bổ sung điều chỉnh giảm thuế khấu trừ, kể cả đối với kỳ tính thuế đã được thanh tra, kiểm tra.

Cùng với 7 thay đổi lớn nêu trên, công tác quản lý thuế kể từ năm 2026 cũng ghi nhận những chuyển biến mang tính hệ thống. Căn cứ theo Điều 5 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế sẽ thực hiện phân nhóm người nộp thuế để quản lý rủi ro và quản lý tuân thủ một cách toàn diện. Các nội dung quản lý bao gồm kiểm soát chặt chẽ quy trình đăng ký, kê khai, khấu trừ, hoàn thuế, miễn giảm thuế, cũng như đẩy mạnh hoạt động thanh tra, kiểm tra và hợp tác quốc tế về thuế.

Về thẩm quyền quyết định miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế và không chịu thuế, Điều 19 Luật Quản lý thuế 2025 quy định rõ thẩm quyền tối cao thuộc về Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế trực tiếp. Đáng chú ý, cơ quan thuế sẽ từng bước triển khai tự động hóa quy trình miễn thuế, giảm thuế cho người nộp thuế dựa trên cơ sở dữ liệu số hóa và hệ thống tiêu chí quản lý rủi ro tự động, giúp tối giảm thủ tục hành chính cho doanh nghiệp.

Nhìn chung, các sửa đổi bổ sung tại Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng tới sự minh bạch, chặt chẽ và tăng cường chuyển đổi số trong quản lý thuế. Để bảo đảm an toàn pháp lý cho hoạt động sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp cần khẩn trương rà soát hệ thống phần mềm kế toán và đào tạo nghiệp vụ cho đội ngũ nhân sự trước thời điểm các văn bản này chính thức có hiệu lực vào ngày 01/07/2026. Người trợ lý Atax sẽ luôn đồng hành cùng Quý doanh nghiệp trong việc cập nhật các chính sách tài chính, kế toán mới nhất.

Liên hệ trực tiếp cho ATAX qua fanpage ĐẠI LÝ THUẾ NGƯỜI TRỢ LÝ hoặc liên hệ trực tiếp Hotline: 0988 168 368 để được tư vấn HOÀN TOÀN MIỄN PHÍ.

Nhận diện 7 hành vi vi phạm phổ biến về kê khai doanh thu Hộ kinh doanh theo Công văn 3786