Ưu đãi thuế TNDN theo lĩnh vực với dự án đầu tư mới

Ưu đãi thuế TNDN theo lĩnh vực đối với dự án đầu tư mới là nội dung doanh nghiệp cần rà soát kỹ khi lập kế hoạch đầu tư, xác định nghĩa vụ thuế và thực hiện quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp. Trong bài viết này, Atax tổng hợp các điều kiện áp dụng, trường hợp không được hưởng ưu đãi, mức thuế suất ưu đãi và một số lưu ý khi kê khai phụ lục ưu đãi thuế TNDN.

1. Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư mới

Căn cứ khoản 8 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo Điều 19 và Điều 20 Nghị định 320/2025/NĐ-CP phải đáp ứng điều kiện về hồ sơ pháp lý đầu tư.

• Dự án đầu tư mới phải được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc được chấp thuận chủ trương đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư, hoặc được cho phép đầu tư theo quy định của pháp luật chuyên ngành.

• Đối với dự án đầu tư không thuộc diện phải cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, không thuộc diện chấp thuận chủ trương đầu tư hoặc không phải xin phép đầu tư theo pháp luật chuyên ngành, việc xác định dự án đầu tư mới căn cứ vào Báo cáo thực hiện dự án đầu tư của doanh nghiệp theo quy định của pháp luật về đầu tư gửi cơ quan đăng ký đầu tư.

Theo Atax, doanh nghiệp cần lưu trữ đầy đủ hồ sơ đầu tư, hồ sơ pháp lý, báo cáo tiến độ và tài liệu chứng minh điều kiện ưu đãi ngay từ giai đoạn triển khai dự án để tránh rủi ro khi quyết toán thuế.

2. Các dự án đầu tư mới không được áp dụng ưu đãi thuế TNDN

Không phải mọi dự án có phát sinh hoạt động đầu tư đều được xác định là dự án đầu tư mới để hưởng ưu đãi thuế TNDN. Các trường hợp sau không được áp dụng ưu đãi theo diện dự án đầu tư mới:

• Dự án đầu tư hình thành từ việc sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp theo quy định của pháp luật.

• Dự án đầu tư hình thành từ việc chuyển đổi chủ sở hữu, bao gồm cả trường hợp thực hiện dự án đầu tư mới nhưng vẫn kế thừa tài sản, địa điểm kinh doanh, ngành nghề kinh doanh của doanh nghiệp cũ để tiếp tục hoạt động sản xuất, kinh doanh; hoặc mua lại dự án đầu tư đang hoạt động.

3. Một số lưu ý khi xác định ưu đãi thuế TNDN

4. Mức ưu đãi về thuế suất và miễn, giảm thuế TNDN theo lĩnh vực

Căn cứ Điều 13 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, được sửa đổi, bổ sung tại khoản 7 Điều 25 Luật Công nghệ cao 2025, mức ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư mới được xác định theo lĩnh vực, địa bàn và điều kiện cụ thể của từng dự án.

4.1. Thuế suất 10% trong thời hạn 15 năm

Thuế suất ưu đãi 10% trong thời hạn 15 năm được áp dụng đối với các khoản thu nhập sau:

• Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện các dự án đầu tư mới quy định tại các điểm a, b, c, d và đ khoản 2 Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025; đồng thời áp dụng đối với thu nhập của doanh nghiệp thuộc trường hợp quy định tại điểm e khoản 2 Điều 12.

• Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư theo quy định tại điểm g và điểm h khoản 2 Điều 12.

• Thu nhập của doanh nghiệp từ dự án đầu tư mới triển khai tại địa bàn quy định tại điểm a khoản 3 Điều 12.

• Thu nhập của doanh nghiệp từ dự án đầu tư mới tại khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung; hoặc dự án đầu tư mới tại khu kinh tế thuộc địa bàn ưu đãi thuế theo quy định tại điểm a và điểm b khoản 3 Điều 12.

Trường hợp dự án trong khu kinh tế có vị trí trải trên cả địa bàn ưu đãi và không ưu đãi thì việc xác định mức ưu đãi thuế thực hiện theo quy định của Chính phủ.

4.2. Thuế suất 17% trong thời gian 10 năm

Thuế suất ưu đãi 17% trong thời gian 10 năm áp dụng đối với:

• Các dự án đầu tư mới thuộc ngành, nghề ưu đãi quy định tại các điểm m, n và o khoản 2 Điều 12.

• Dự án đầu tư mới thực hiện tại địa bàn quy định tại điểm b khoản 3 Điều 12.

• Dự án đầu tư mới tại khu kinh tế không thuộc địa bàn ưu đãi quy định tại điểm a và điểm b khoản 3 Điều 12.

4.3. Trường hợp được kéo dài thời gian miễn, giảm thuế

Đối với các dự án đầu tư mới quy định tại điểm h khoản 2 Điều 12, Thủ tướng Chính phủ có thẩm quyền quyết định việc kéo dài thời gian miễn, giảm thuế. Tuy nhiên, thời gian kéo dài tối đa không vượt quá 1,5 lần thời gian miễn, giảm thuế theo khoản 1 Điều 14 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025.

5. Kê khai ưu đãi thuế TNDN theo lĩnh vực trên phụ lục 03-3A/TNDN

Khi quyết toán thuế TNDN, người nộp thuế cần kê khai ưu đãi thuế theo phụ lục mẫu số 03-3A/TNDN trên hệ thống HTKK. Atax lưu ý hai trường hợp thường gặp như sau:

5.1. Thu nhập ưu đãi phát sinh cùng địa bàn cấp tỉnh nơi có trụ sở chính

• Người nộp thuế lựa chọn mục ưu đãi cùng tỉnh.

• Nếu có nhiều dự án ưu đãi khác nhau trên cùng địa bàn cấp tỉnh, người nộp thuế kê khai thành nhiều dòng tại bảng A.

• Không cần điền thông tin tại ô cơ quan thuế cấp cục, cơ quan thuế cấp chi cục và các chỉ tiêu [09], [09a], [09b], [09c].

• Nếu thuộc trường hợp dự án đầu tư, kinh doanh nhà ở xã hội thì tích chọn ô tương ứng.

Tại phần A, người nộp thuế kê khai theo từng trường hợp được hưởng ưu đãi thuế TNDN, bao gồm ưu đãi tại trụ sở chính, đơn vị phụ thuộc hoặc địa điểm kinh doanh cùng tỉnh với trụ sở chính. Mỗi trường hợp kê khai một dòng riêng.

5.2. Một số chỉ tiêu cần lưu ý tại phần A

• Cột (1): Số thứ tự do hệ thống HTKK tự động điền.

• Cột (2), (3): Ghi tên và mã số thuế của người nộp thuế, đơn vị phụ thuộc hoặc địa điểm kinh doanh có dự án đầu tư, thu nhập được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

• Cột (4): Hệ thống HTKK tự động điền tên cơ quan thuế quản lý người nộp thuế tại trụ sở chính.

• Cột (5): Kê khai thông tin về điều kiện hưởng ưu đãi thuế theo danh mục.

• Cột (6), (7), (8): Kê khai tên dự án đầu tư, mã dự án đầu tư, lĩnh vực hoạt động của dự án đầu tư. Nếu không áp dụng ưu đãi theo dự án đầu tư thì để trống các cột này.

• Cột (9), (10), (11), (12): Kê khai thời gian được hưởng ưu đãi thuế suất, năm bắt đầu hưởng ưu đãi thuế suất, tổng số năm được miễn giảm thuế và năm bắt đầu hưởng miễn giảm thuế.

• Cột (13), (14), (15), (16): Kê khai doanh thu tính thuế, chi phí tính thuế, thu nhập miễn thuế, chuyển lỗ và bù trừ lãi lỗ.

• Cột (17): Kê khai thu nhập tính thuế được hưởng ưu đãi thuế TNDN. Công thức: cột (17) = cột (13) – cột (14) – cột (15) – cột (16).

• Cột (18): Kê khai thuế suất được ưu đãi phù hợp với điều kiện hưởng ưu đãi.

• Cột (19): Số thuế TNDN phải nộp theo thuế suất phổ thông. Công thức: cột (19) = cột (17) x 20%.

• Cột (20): Số thuế TNDN phải nộp theo thuế suất ưu đãi. Công thức: cột (20) = cột (17) x cột (18).

• Cột (21): Số thuế chênh lệch do áp dụng thuế suất ưu đãi. Công thức: cột (21) = cột (19) – cột (20).

• Cột (22): Kê khai tỷ lệ giảm thuế, ghi 100% nếu đang miễn thuế, ghi 50% nếu đang giảm thuế.

• Cột (23): Kê khai số thuế TNDN được miễn thuế.

• Cột (24): Kê khai số thuế TNDN được giảm thuế.

• Cột (25): Tổng số thuế TNDN được ưu đãi. Công thức: cột (25) = cột (21) + cột (23) + cột (24).

Trường hợp cột (17) < 0 thì các cột từ (19) đến (25) bằng 0. Nếu thu nhập ưu đãi phát sinh cùng tỉnh với trụ sở chính, người nộp thuế không cần kê khai phần B.

5.3. Thu nhập ưu đãi phát sinh khác địa bàn cấp tỉnh nơi có trụ sở chính

• Người nộp thuế lựa chọn mục ưu đãi khác tỉnh.

• Kê khai đầy đủ thông tin về cơ quan thuế quản lý và các chỉ tiêu [09], [09a], [09b], [09c] của tỉnh nơi phát sinh thu nhập được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

• Các cột từ (01) đến (25) được kê khai tương tự trường hợp thu nhập ưu đãi phát sinh cùng tỉnh.

Phần B dùng để xác định số thuế TNDN phải nộp của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế TNDN tại đơn vị phụ thuộc hoặc địa điểm kinh doanh khác tỉnh. Nếu hoạt động được hưởng ưu đãi cùng tỉnh với nơi có trụ sở chính thì không phải kê khai phần B.

• Chỉ tiêu [16]: Số thuế TNDN phải nộp của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế TNDN. Công thức: [16] = [11] – [15].

• Chỉ tiêu [17]: Số thuế TNDN của hoạt động sản xuất kinh doanh nộp thừa kỳ trước do tạm nộp theo quý lớn hơn số thuế phải nộp theo quyết toán năm, được chuyển sang bù trừ với số thuế TNDN phải nộp kỳ này.

• Chỉ tiêu [18]: Số thuế TNDN đã tạm nộp theo quý trong năm tại cơ quan thuế nơi người nộp thuế kê khai riêng hoạt động ưu đãi, tính đến thời hạn nộp hồ sơ quyết toán.

• Chỉ tiêu [19]: Chênh lệch giữa số thuế phải nộp và số thuế đã tạm nộp trong năm. Công thức: [19] = [16] – [18].

• Chỉ tiêu [20]: Số thuế TNDN còn phải nộp sau quyết toán. Công thức: [20] = [16] – [17] – [18].

6. Kết luận và khuyến nghị của Atax

Việc xác định ưu đãi thuế TNDN theo lĩnh vực đối với dự án đầu tư mới cần được thực hiện thận trọng, căn cứ đồng thời vào hồ sơ pháp lý đầu tư, lĩnh vực hoạt động, địa bàn thực hiện dự án, thời gian phát sinh thu nhập và điều kiện miễn, giảm thuế theo từng thời kỳ. Sai sót trong việc xác định điều kiện ưu đãi có thể dẫn đến rủi ro truy thu thuế, tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Atax khuyến nghị doanh nghiệp nên rà soát hồ sơ dự án, đối chiếu ngành nghề đầu tư với quy định ưu đãi thuế TNDN, tách riêng doanh thu, chi phí và thu nhập của hoạt động được ưu đãi để phục vụ kê khai, quyết toán và giải trình với cơ quan thuế khi cần thiết.

Xem thêm Miễn thuế TNDN 3 năm đầu cho doanh nghiệp mới theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP