Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế TNDN như thế nào?

Ưu đãi thuế TNDN là một trong những chính sách quan trọng giúp doanh nghiệp tối ưu chi phí thuế, cải thiện dòng tiền và hỗ trợ nhà đầu tư trong quá trình ra quyết định. Tuy nhiên, để áp dụng đúng và hạn chế rủi ro truy thu, kế toán cần nắm rõ điều kiện, phạm vi thu nhập được ưu đãi, thời điểm hưởng ưu đãi và nguyên tắc hạch toán theo quy định hiện hành. Trong bài viết này, Atax chia sẻ các điểm cần lưu ý khi áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo tinh thần quy định tại Luật Thuế TNDN 2025, Nghị định 320/2025/NĐ-CP và một số hướng dẫn liên quan của cơ quan thuế.

Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế TNDN doanh nghiệp cần lưu ý

Theo quy định, ưu đãi thuế TNDN chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế theo phương pháp kê khai. Đây là điều kiện nền tảng, có ý nghĩa quyết định trước khi xem xét doanh nghiệp có thuộc diện được hưởng ưu đãi theo ngành nghề, lĩnh vực, địa bàn hoặc loại hình dự án đầu tư hay không.

Đối với dự án đầu tư mới, doanh nghiệp cần có Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, văn bản chấp thuận chủ trương đầu tư, quyết định cho phép đầu tư hoặc tài liệu xác định dự án đầu tư mới theo quy định. Trường hợp dự án hình thành từ sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chuyển đổi chủ sở hữu, mua lại dự án đang hoạt động hoặc kế thừa tài sản, địa điểm, ngành nghề của doanh nghiệp cũ thì không được coi là dự án đầu tư mới để hưởng ưu đãi theo diện này.

Atax lưu ý rằng doanh nghiệp chỉ được hưởng ưu đãi đối với phần thu nhập đáp ứng đúng điều kiện ghi nhận tại hồ sơ pháp lý của dự án hoặc điều kiện ưu đãi theo quy định. Các khoản thu nhập không liên quan đến hoạt động được ưu đãi phải được xác định riêng và kê khai thuế theo nguyên tắc thông thường.

Một số khoản thu nhập thường không thuộc diện ưu đãi thuế TNDN gồm: thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn; thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, trừ trường hợp thuộc diện được ưu đãi theo quy định riêng; thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư; thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh ở ngoài Việt Nam; thu nhập từ tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu khí, tài nguyên quý hiếm, khoáng sản; thu nhập từ sản xuất, kinh doanh trò chơi điện tử trên mạng hoặc hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, trừ một số dự án đặc thù được pháp luật cho phép.

Về hạch toán, doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động được ưu đãi và thu nhập từ hoạt động không được ưu đãi. Trường hợp không hạch toán riêng được, phần thu nhập được ưu đãi có thể được xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc tỷ lệ chi phí được trừ của hoạt động ưu đãi so với tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế. Đây là điểm kế toán cần đặc biệt chú ý khi thiết lập hệ thống tài khoản, mã doanh thu, mã chi phí và hồ sơ phân bổ nội bộ.

Khi cùng một khoản thu nhập đồng thời đáp ứng nhiều điều kiện ưu đãi, doanh nghiệp được lựa chọn mức ưu đãi có lợi nhất. Tuy nhiên, thời gian ưu đãi đã hưởng trước đó phải được trừ khi chuyển sang áp dụng tiêu chí ưu đãi mới. Sau khi đã lựa chọn hình thức ưu đãi, doanh nghiệp cần áp dụng nhất quán cho toàn bộ thời gian còn lại, tránh thay đổi tùy tiện dẫn đến rủi ro khi quyết toán hoặc thanh tra thuế.

Đối với ưu đãi gắn với địa bàn, thu nhập từ sản phẩm sản xuất tại địa bàn ưu đãi vẫn có thể được hưởng ưu đãi dù sản phẩm được tiêu thụ ngoài địa bàn. Ngược lại, với hoạt động dịch vụ và thương mại, ưu đãi thường chỉ áp dụng đối với phần thu nhập phát sinh tại địa bàn ưu đãi. Đối với hoạt động vận tải, việc xác định ưu đãi cần căn cứ địa bàn của dự án và tuyến vận chuyển theo hồ sơ thực tế.

Đối với doanh nghiệp công nghệ cao, ưu đãi chỉ áp dụng cho thu nhập từ hoạt động công nghệ cao, nghiên cứu và phát triển, cùng các hoạt động có liên quan trực tiếp. Đối với lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp và diêm nghiệp, thu nhập được ưu đãi có thể bao gồm cả khoản phát sinh từ thanh lý sản phẩm, bán phế liệu, phế phẩm trong quá trình sản xuất nếu đáp ứng điều kiện theo quy định.

Về thời điểm bắt đầu hưởng ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế thường được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án được ưu đãi. Nếu trong ba năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu mà chưa phát sinh thu nhập chịu thuế, thời gian miễn, giảm thuế được tính từ năm thứ tư dự án phát sinh doanh thu. Trường hợp năm đầu tiên phát sinh doanh thu dưới 12 tháng, doanh nghiệp có thể được lựa chọn bắt đầu hưởng ưu đãi ngay trong năm đó hoặc từ năm tiếp theo, tùy điều kiện cụ thể.

Trường hợp doanh nghiệp thay đổi kỳ tính thuế, kế toán cần rà soát quyền lựa chọn áp dụng ưu đãi trong năm chuyển đổi hoặc chuyển sang năm tiếp theo. Việc lựa chọn cần được thể hiện nhất quán trên hồ sơ khai thuế, sổ kế toán và tài liệu giải trình nội bộ.

Đối với doanh nghiệp hình thành từ quá trình tổ chức lại, việc kế thừa ưu đãi thuế và số lỗ chưa kết chuyển chỉ được thực hiện khi doanh nghiệp sau tổ chức lại tiếp tục đáp ứng đầy đủ điều kiện ưu đãi theo quy định. Nếu trong kỳ tính thuế doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện ưu đãi, phần thu nhập tương ứng phải áp dụng thuế suất phổ thông 20% và không được hưởng ưu đãi trong năm đó.

Một điểm thực tế kế toán cần kiểm soát là thu nhập từ lãi tiền gửi có kỳ hạn. Theo hướng dẫn của cơ quan thuế, khoản thu nhập này được xác định là thu nhập khác và không được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế theo dự án đầu tư mới. Do đó, doanh nghiệp cần tách riêng khoản lãi tiền gửi, lãi trả chậm, lãi trả góp hoặc các khoản thu nhập tài chính tương tự khi xác định thu nhập được ưu đãi.

Các hướng dẫn của cơ quan thuế cũng nhấn mạnh rằng doanh nghiệp phải duy trì điều kiện ưu đãi trong suốt thời gian áp dụng. Nếu không đáp ứng điều kiện, doanh nghiệp có thể bị truy thu số thuế đã được ưu đãi và xử lý vi phạm theo quy định. Đối với một số dự án đặc thù, nếu sau thời hạn nhất định kể từ khi cấp phép hoặc từ năm có doanh thu mà không đáp ứng điều kiện ưu đãi, doanh nghiệp không được tiếp tục hưởng ưu đãi và phải kê khai, nộp lại số thuế đã được ưu đãi trước đó.

Về điều khoản chuyển tiếp, doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi theo quy định tại thời điểm cấp phép hoặc cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư thì tiếp tục được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại. Trường hợp quy định mới có mức ưu đãi cao hơn và doanh nghiệp đáp ứng điều kiện, doanh nghiệp có thể lựa chọn áp dụng ưu đãi theo quy định mới cho thời gian còn lại, tính từ kỳ tính thuế năm 2025 theo hướng dẫn tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

Atax khuyến nghị kế toán doanh nghiệp khi áp dụng ưu đãi thuế TNDN cần thực hiện tối thiểu các bước kiểm soát sau: rà soát hồ sơ pháp lý của dự án; xác định chính xác ngành nghề, địa bàn, loại hình ưu đãi; hạch toán riêng doanh thu, chi phí và thu nhập; lưu trữ đầy đủ chứng từ chứng minh điều kiện ưu đãi; theo dõi riêng thời gian miễn thuế, giảm thuế, thuế suất ưu đãi; đồng thời cập nhật kịp thời hướng dẫn của cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Việc áp dụng ưu đãi thuế TNDN không chỉ là vấn đề tính thuế mà còn liên quan trực tiếp đến quản trị tuân thủ và chiến lược tài chính của doanh nghiệp. Nếu chuẩn bị hồ sơ đầy đủ, hạch toán rõ ràng và lựa chọn chính sách phù hợp, doanh nghiệp có thể tận dụng hợp pháp lợi ích thuế, đồng thời hạn chế rủi ro khi quyết toán, thanh tra hoặc kiểm tra thuế. Atax luôn khuyến nghị doanh nghiệp nên đánh giá từng trường hợp cụ thể trước khi kê khai ưu đãi để bảo đảm phù hợp với quy định pháp luật hiện hành.

Bài viết liên quan Ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp mới thành lập