Ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp mới thành lập

Ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp mới thành lập là nội dung được nhiều chủ doanh nghiệp, nhà đầu tư và bộ phận kế toán quan tâm khi bắt đầu hoạt động kinh doanh. Việc xác định đúng điều kiện, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn giảm thuế và nghĩa vụ kê khai giúp doanh nghiệp tận dụng chính sách hỗ trợ hợp pháp, đồng thời hạn chế rủi ro bị truy thu, xử phạt khi cơ quan thuế kiểm tra.

Trong bài viết này, Atax tổng hợp các điểm quan trọng về chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp dành cho doanh nghiệp mới thành lập theo nội dung quy định được nêu tại các văn bản pháp luật mới, giúp doanh nghiệp có thêm cơ sở tham khảo khi lập kế hoạch tài chính, kế toán và thuế.

Căn cứ pháp lý về ưu đãi thuế TNDN

Để xác định ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp mới thành lập, doanh nghiệp cần căn cứ vào các văn bản pháp lý chính sau:

• Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 ngày 14/6/2025, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/10/2025 và áp dụng từ kỳ tính thuế TNDN năm 2025.

• Luật Đầu tư số 61/2020/QH14 và các văn bản sửa đổi, bổ sung có liên quan.

• Luật Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo 2025.

• Luật Công nghệ cao 2008.

• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và các văn bản hướng dẫn thi hành.

• Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025.

• Nghị định số 31/2021/NĐ-CP ngày 26/3/2021 của Chính phủ hướng dẫn Luật Đầu tư, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 239/2025/NĐ-CP.

• Nghị định số 268/2025/NĐ-CP quy định về cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

• Nghị định số 182/2024/NĐ-CP ngày 31/12/2024 về thành lập, quản lý và sử dụng Quỹ Hỗ trợ đầu tư.

• Thông tư số 20/2026/TT-BTC ngày 12/3/2026 của Bộ Tài chính hướng dẫn Luật Thuế TNDN và Nghị định số 320/2025/NĐ-CP.

Điều kiện để doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế TNDN

Theo nguyên tắc chung, không phải mọi doanh nghiệp mới thành lập đều tự động được hưởng ưu đãi thuế TNDN. Doanh nghiệp cần đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định, đặc biệt là các điều kiện về kế toán, hóa đơn, chứng từ, phương pháp kê khai và hạch toán riêng thu nhập được ưu đãi.

• Doanh nghiệp phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật.

• Doanh nghiệp phải nộp thuế theo phương pháp kê khai.

• Doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được ưu đãi thuế với thu nhập từ hoạt động không được ưu đãi thuế.

• Trường hợp không hạch toán riêng được, thu nhập từ hoạt động được ưu đãi được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu hoặc chi phí của hoạt động được ưu đãi trên tổng doanh thu hoặc tổng chi phí của doanh nghiệp.

• Đối với dự án đầu tư mới, doanh nghiệp phải đáp ứng điều kiện về địa bàn, lĩnh vực, ngành nghề ưu đãi đầu tư theo quy định.

• Đối với dự án đầu tư mở rộng, doanh nghiệp phải đáp ứng tiêu chí về quy mô vốn, công suất tăng thêm hoặc tỷ lệ doanh thu tăng thêm.

• Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện ưu đãi nhưng đã áp dụng ưu đãi, cơ quan thuế có thể truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính theo quy định về quản lý thuế.

Các chính sách ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp mới thành lập

Miễn thuế TNDN đối với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm từ 01 tỷ đồng trở xuống

Theo quy định tại Nghị định số 141/2026/NĐ-CP bổ sung Nghị định số 320/2025/NĐ-CP, thu nhập của doanh nghiệp, tổ chức được thành lập theo pháp luật Việt Nam có tổng doanh thu năm từ 01 tỷ đồng trở xuống được miễn thuế TNDN.

Trường hợp doanh nghiệp mới thành lập trong kỳ tính thuế và dự kiến tổng doanh thu trong kỳ tính thuế không quá 01 tỷ đồng thì doanh nghiệp không phải tạm nộp thuế TNDN. Khi kết thúc kỳ tính thuế, nếu tổng doanh thu thực tế vượt 01 tỷ đồng, doanh nghiệp thực hiện kê khai, quyết toán thuế TNDN theo quy định và không phải tính tiền chậm nộp đối với phần tạm nộp trước đó.

Miễn thuế TNDN 03 năm đầu đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu

Theo Nghị quyết số 198/2025/QH15 và Nghị định số 20/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Do đó, doanh nghiệp cần lưu ý mốc thời gian này khi lập kế hoạch tài chính và khi xác định nghĩa vụ quyết toán thuế TNDN hằng năm.

Ưu đãi thuế suất theo doanh thu

Theo Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 và Nghị định số 320/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp được áp dụng thuế suất ưu đãi theo quy mô doanh thu như sau:

• Thuế suất 15% áp dụng đối với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 03 tỷ đồng.

• Thuế suất 17% áp dụng đối với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm từ trên 03 tỷ đồng đến không quá 50 tỷ đồng.

• Thuế suất phổ thông 20% áp dụng cho các doanh nghiệp còn lại, trừ trường hợp được hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt.

Ưu đãi thuế suất đối với dự án đầu tư

Thuế suất ưu đãi 10% trong thời gian 15 năm áp dụng đối với một số trường hợp như: dự án đầu tư mới tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn, khu kinh tế, khu công nghệ cao; dự án thuộc lĩnh vực nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số; dự án bảo vệ môi trường; doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

Thuế suất ưu đãi 10% trong suốt thời gian hoạt động áp dụng đối với thu nhập từ hoạt động xã hội hóa trong lĩnh vực giáo dục – đào tạo, dạy nghề, y tế, văn hóa, thể thao, môi trường, giám định tư pháp; hoạt động xuất bản, in báo, phát hành báo; đầu tư – kinh doanh nhà ở xã hội; một số hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản và sản xuất muối.

Thuế suất ưu đãi 17% trong thời gian 10 năm áp dụng đối với thu nhập từ dự án đầu tư mới tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội khó khăn và một số lĩnh vực sản xuất như thép cao cấp, sản phẩm tiết kiệm năng lượng, máy móc thiết bị phục vụ nông nghiệp, thiết bị tưới tiêu, thức ăn chăn nuôi, phát triển ngành nghề truyền thống.

Thuế suất ưu đãi 17% trong suốt thời gian hoạt động áp dụng đối với thu nhập của Quỹ tín dụng nhân dân, ngân hàng hợp tác xã và tổ chức tài chính vi mô.

Đối với dự án đầu tư đặc biệt đáp ứng tiêu chí về quy mô vốn và lĩnh vực ưu tiên đặc biệt, doanh nghiệp có thể được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo quyết định riêng, gồm 9% trong 30 năm, 7% trong 33 năm hoặc 5% trong 37 năm.

Ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế

Ngoài ưu đãi về thuế suất, doanh nghiệp mới thành lập thực hiện dự án đầu tư mới có thể được hưởng ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế theo từng nhóm đối tượng.

• Miễn thuế 4 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo đối với dự án đầu tư mới thuộc đối tượng hưởng thuế suất ưu đãi 10% trong 15 năm và dự án xã hội hóa tại địa bàn khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn.

• Miễn thuế 4 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 5 năm tiếp theo đối với dự án xã hội hóa tại địa bàn không thuộc danh mục địa bàn khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn.

• Miễn thuế 2 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với dự án đầu tư mới thuộc đối tượng hưởng thuế suất ưu đãi 17% trong 10 năm và dự án đầu tư mới tại khu công nghiệp, trừ khu công nghiệp thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội thuận lợi.

Bảng tổng hợp ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp mới thành lập

Lưu ý quan trọng khi áp dụng ưu đãi thuế TNDN

Khi áp dụng chính sách ưu đãi thuế TNDN, Atax khuyến nghị doanh nghiệp mới thành lập cần đặc biệt lưu ý các vấn đề sau:

• Phân biệt miễn thuế và thuế suất ưu đãi: Doanh nghiệp có tổng doanh thu năm từ 01 tỷ đồng trở xuống có thể được miễn thuế TNDN. Trong khi đó, doanh nghiệp có doanh thu trên 01 tỷ đồng đến không quá 03 tỷ đồng có thể áp dụng thuế suất 15%, tức vẫn phát sinh nghĩa vụ thuế nếu có thu nhập chịu thuế.

• Xác định đúng đối tượng doanh nghiệp nhỏ và vừa: Chính sách miễn thuế 03 năm đầu áp dụng cho doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu, thời gian miễn thuế tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

• Có thể đồng thời đáp ứng nhiều điều kiện ưu đãi: Trường hợp doanh nghiệp đáp ứng nhiều tiêu chí ưu đãi, doanh nghiệp cần rà soát để lựa chọn chính sách phù hợp và có lợi nhất theo quy định.

• Không tự ý chuyển đổi tiêu chí ưu đãi: Sau khi đã lựa chọn mức ưu đãi, doanh nghiệp cần áp dụng nhất quán cho toàn bộ thời gian hưởng ưu đãi còn lại, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.

• Hạch toán riêng thu nhập được ưu đãi: Đây là điều kiện quan trọng trong thực tiễn thanh tra, kiểm tra thuế. Nếu không hạch toán riêng, doanh nghiệp phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí theo quy định.

• Lưu trữ đầy đủ hồ sơ chứng minh: Doanh nghiệp cần lưu Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, hồ sơ dự án đầu tư, quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư, tài liệu chứng minh ngành nghề, địa bàn ưu đãi, sổ sách kế toán, hóa đơn, chứng từ và tờ khai thuế.

• Rủi ro truy thu và xử phạt: Nếu doanh nghiệp đã hưởng ưu đãi nhưng sau đó bị xác định không đáp ứng điều kiện, cơ quan thuế có thể truy thu số thuế thiếu, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.

Kết luận

Chính sách ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp mới thành lập là công cụ hỗ trợ quan trọng, giúp doanh nghiệp giảm chi phí thuế trong giai đoạn đầu hoạt động và có thêm nguồn lực để đầu tư, mở rộng sản xuất kinh doanh. Tuy nhiên, việc áp dụng ưu đãi cần được thực hiện thận trọng, có căn cứ pháp lý, có hồ sơ chứng minh và phù hợp với thực tế hoạt động của doanh nghiệp.

Atax khuyến nghị doanh nghiệp nên rà soát ngay từ thời điểm thành lập về ngành nghề kinh doanh, địa bàn đầu tư, quy mô doanh thu, điều kiện doanh nghiệp nhỏ và vừa, phương pháp kế toán và khả năng hạch toán riêng thu nhập được ưu đãi. Việc chuẩn bị đúng ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp tối ưu nghĩa vụ thuế hợp pháp và hạn chế rủi ro trong quá trình quyết toán, thanh tra, kiểm tra thuế.

Xem thêm bài viết Chuyển đổi số doanh nghiệp vừa và nhỏ nên bắt đầu từ đâu?