Phương pháp nộp thuế GTGT và TNDN của doanh nghiệp siêu nhỏ theo Thông tư 58/2026/TT-BTC là nội dung quan trọng mà doanh nghiệp cần xác định đúng ngay từ đầu để áp dụng chứng từ, sổ kế toán và nghĩa vụ báo cáo phù hợp. Atax nhận thấy việc phân loại chế độ kế toán theo từng phương pháp nộp thuế giúp doanh nghiệp siêu nhỏ giảm bớt thủ tục không cần thiết, đồng thời vẫn đảm bảo dữ liệu kế toán phục vụ kê khai, quyết toán và kiểm tra thuế.
Thông tư 58/2026/TT-BTC thay thế Thông tư 132 và quy định lại hệ thống chứng từ, sổ kế toán áp dụng cho doanh nghiệp siêu nhỏ. Điểm đáng chú ý là chế độ kế toán không áp dụng chung cho mọi doanh nghiệp mà được phân chia theo cách doanh nghiệp kê khai thuế GTGT và xác định thuế TNDN. Cách tiếp cận này phù hợp với thực tế quản lý, bởi mỗi phương pháp tính thuế sẽ yêu cầu mức độ theo dõi doanh thu, chi phí, hàng tồn kho, tiền và nghĩa vụ thuế khác nhau.
Doanh nghiệp siêu nhỏ áp dụng sổ kế toán thế nào theo từng phương pháp nộp thuế?
Thứ nhất, doanh nghiệp nộp thuế GTGT và thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu. Theo Điều 5 Thông tư 58/2026/TT-BTC, đây là trường hợp áp dụng chế độ kế toán đơn giản nhất. Doanh nghiệp chủ yếu cần theo dõi doanh thu phát sinh để làm căn cứ xác định số thuế GTGT và thuế TNDN phải nộp theo tỷ lệ quy định.
Chứng từ kế toán sử dụng trong trường hợp này chủ yếu là hóa đơn bán hàng và các chứng từ liên quan đến việc xác định doanh thu trong kỳ. Về sổ kế toán, doanh nghiệp sử dụng Sổ doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ theo Mẫu số S1-DNSN. Sổ này dùng để phản ánh doanh thu theo từng nhóm hàng hóa, dịch vụ có cùng tỷ lệ thuế, qua đó hỗ trợ xác định nghĩa vụ thuế chính xác hơn.
| Sổ doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ (Mẫu số S1-DNSN) – File Excel | Tại đây |
|---|---|
| Sổ doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ (Mẫu số S1-DNSN) – File Word | Tại đây |
| Sổ doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ (Mẫu số S1-DNSN) – File PDF | Tại đây |
Thứ hai, doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo tỷ lệ % trên doanh thu và nộp thuế TNDN trên thu nhập tính thuế. Theo Điều 6 Thông tư 58/2026/TT-BTC, doanh nghiệp thuộc trường hợp này phải tổ chức hệ thống sổ kế toán đầy đủ hơn so với trường hợp chỉ tính thuế theo tỷ lệ doanh thu. Lý do là thuế TNDN được xác định trên cơ sở thu nhập tính thuế, nên doanh nghiệp cần theo dõi cả doanh thu và chi phí hợp lệ.
Ngoài hóa đơn bán hàng, doanh nghiệp có thể sử dụng Bảng kê thu mua hàng hóa, dịch vụ không có hóa đơn cùng các chứng từ kế toán liên quan để ghi nhận doanh thu, chi phí, thu nhập và nghĩa vụ thuế. Hệ thống sổ kế toán cần mở và ghi chép gồm: Sổ doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ theo Mẫu số S2a-DNSN; Sổ chi tiết doanh thu, chi phí theo Mẫu số S2b-DNSN; Sổ chi tiết vật liệu, dụng cụ, sản phẩm, hàng hóa theo Mẫu số S2c-DNSN; và Sổ chi tiết tiền theo Mẫu số S2d-DNSN.
Việc theo dõi đầy đủ các sổ này giúp doanh nghiệp kiểm soát doanh thu, chi phí, hàng tồn kho và dòng tiền. Đây cũng là cơ sở quan trọng để chứng minh tính hợp lý, hợp lệ của chi phí khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.
Thứ ba, doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu. Theo Điều 7 Thông tư 58/2026/TT-BTC, doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT phải theo dõi thuế GTGT đầu ra, thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và số thuế GTGT còn phải nộp hoặc được khấu trừ chuyển kỳ sau.
Trong trường hợp này, doanh nghiệp sử dụng hóa đơn và chứng từ kế toán liên quan để ghi nhận doanh thu, đồng thời xác định nghĩa vụ thuế phát sinh. Về sổ kế toán, doanh nghiệp phải sử dụng Sổ doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ theo Mẫu số S3a-DNSN và Sổ theo dõi nghĩa vụ thuế GTGT theo Mẫu số S3b-DNSN.
Do thuế TNDN được tính theo tỷ lệ % trên doanh thu, doanh nghiệp không bắt buộc phải tổ chức hệ thống sổ chi tiết để xác định thu nhập tính thuế như trường hợp tính thuế TNDN trên thu nhập tính thuế. Tuy nhiên, việc lưu trữ hóa đơn, chứng từ vẫn cần thực hiện đầy đủ để đảm bảo tính minh bạch của số liệu kế toán và thuế.
Thứ tư, doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và nộp thuế TNDN trên thu nhập tính thuế. Theo Điều 8 Thông tư 58/2026/TT-BTC, đây là trường hợp có yêu cầu quản lý chứng từ, sổ kế toán đầy đủ nhất trong bốn nhóm. Doanh nghiệp vừa phải đáp ứng yêu cầu theo dõi thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, vừa phải xác định thu nhập tính thuế TNDN trên cơ sở doanh thu và chi phí.
Doanh nghiệp cần sử dụng đầy đủ hóa đơn, chứng từ kế toán hợp pháp để ghi nhận doanh thu, chi phí, thu nhập, thuế GTGT đầu vào, thuế GTGT đầu ra và các nghĩa vụ thuế liên quan. Hệ thống sổ kế toán gồm: Sổ chi tiết doanh thu, chi phí theo Mẫu số S2b-DNSN; Sổ chi tiết vật liệu, dụng cụ, sản phẩm, hàng hóa theo Mẫu số S2c-DNSN; Sổ chi tiết tiền theo Mẫu số S2d-DNSN; và Sổ theo dõi nghĩa vụ thuế GTGT theo Mẫu số S3b-DNSN.
Việc kết hợp các loại sổ này giúp doanh nghiệp theo dõi toàn diện hoạt động sản xuất kinh doanh, kiểm soát dòng tiền, hàng tồn kho, chi phí được trừ và nghĩa vụ thuế GTGT. Đồng thời, đây là cơ sở để lập báo cáo tài chính năm và thực hiện quyết toán thuế theo quy định.
Vì sao Thông tư 58 phân loại chế độ kế toán theo phương pháp nộp thuế?
Theo Atax, việc phân loại này giúp hệ thống kế toán phù hợp với bản chất nghĩa vụ thuế của từng doanh nghiệp. Doanh nghiệp tính thuế theo tỷ lệ doanh thu không cần duy trì hệ thống sổ sách quá phức tạp. Ngược lại, doanh nghiệp xác định thuế TNDN trên thu nhập tính thuế hoặc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT phải có dữ liệu chi tiết hơn để chứng minh doanh thu, chi phí và số thuế được khấu trừ.
Cách quy định này cũng tạo thuận lợi khi doanh nghiệp thay đổi phương pháp nộp thuế. Khi chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT hoặc TNDN, doanh nghiệp cần chuyển sang danh mục sổ kế toán tương ứng, đồng thời chuyển số dư cuối kỳ trên sổ cũ sang số dư đầu kỳ trên sổ mới để đảm bảo tính liên tục của dữ liệu kế toán.
Doanh nghiệp siêu nhỏ cần lưu ý gì khi áp dụng Thông tư 58?
Trước hết, doanh nghiệp phải xác định đúng phương pháp nộp thuế GTGT và phương pháp xác định thuế TNDN đang áp dụng. Đây là căn cứ trực tiếp để lựa chọn hệ thống chứng từ, sổ kế toán theo Điều 5, Điều 6, Điều 7 hoặc Điều 8 của Thông tư 58/2026/TT-BTC.
Thứ hai, doanh nghiệp cần áp dụng nhất quán chế độ kế toán trong năm tài chính. Trường hợp lựa chọn áp dụng chế độ kế toán doanh nghiệp nhỏ và vừa thay cho chế độ kế toán doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp phải thực hiện thống nhất tối thiểu trong một năm tài chính.
Thứ ba, doanh nghiệp nộp thuế TNDN trên thu nhập tính thuế phải lập và nộp báo cáo tài chính năm theo quy định. Ngược lại, doanh nghiệp nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu không bắt buộc lập báo cáo tài chính năm, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.
Thứ tư, doanh nghiệp được phép sửa đổi, bổ sung biểu mẫu chứng từ và sổ kế toán để phục vụ yêu cầu quản trị nội bộ, nhưng nội dung điều chỉnh phải bảo đảm tuân thủ Luật Kế toán, phản ánh đầy đủ nghiệp vụ kinh tế phát sinh và không làm sai lệch bản chất số liệu.
Tóm lại, Thông tư 58/2026/TT-BTC phân loại chế độ kế toán của doanh nghiệp siêu nhỏ thành bốn trường hợp tương ứng với từng phương pháp nộp thuế GTGT và TNDN. Việc xác định đúng phương pháp nộp thuế, sử dụng đúng mẫu sổ kế toán và lưu trữ chứng từ đầy đủ sẽ giúp doanh nghiệp tuân thủ quy định, hạn chế rủi ro khi kê khai thuế và nâng cao chất lượng quản trị tài chính. Atax khuyến nghị doanh nghiệp nên rà soát định kỳ phương pháp nộp thuế đang áp dụng để kịp thời điều chỉnh hệ thống sổ sách kế toán phù hợp với quy định mới.
Xem thêm Mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp mới năm 2026
